PDB-6ajn: Crystal structure of AtaTR bound with AcCoA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ajn

タイトル

Crystal structure of AtaTR bound with AcCoA

要素

DUF1778 domain-containing protein
N-acetyltransferase

キーワード

TOXIN / Antitoxin / Acetyltransferas

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin sequestering activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.302 Å

データ登録者

Yashiro, Y. / Yamashita, S. / Tomita, K.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the Enterohemorrhagic Escherichia coli AtaT-AtaR Toxin-Antitoxin Complex.
著者: Yashiro, Y. / Yamashita, S. / Tomita, K.

履歴

登録	2018年8月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6ajn.ent.gz	223.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6ajn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6ajn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ajmSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ajm-d 3st7-1 4cxm-d 4cwa-d 4uoe-d 2pt9-d 6m5z-d 3c2g-2 2j0x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: N-acetyltransferase

B: N-acetyltransferase

C: DUF1778 domain-containing protein

D: DUF1778 domain-containing protein

E: DUF1778 domain-containing protein

F: DUF1778 domain-containing protein

ヘテロ分子

77.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.750, 117.080, 77.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	N-acetyltransferase 分子量: 19371.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BWP17_00640, CVH05_12355 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V3CQ74
#2: タンパク質	DUF1778 domain-containing protein / Toxin-antitoxin system protein / Toxin-antitoxin system / antitoxin component / ribbon-helix-helix ...Toxin-antitoxin system protein / Toxin-antitoxin system / antitoxin component / ribbon-helix-helix fold protein / Ybl13 分子量: 9219.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: ybl13, ybl13_1, A8G17_04185, AA102_09360, AC789_1c38270, ACN002_3543, ACN81_27750, ACU90_15595, AM270_07745, ARC77_13665, AU473_04475, B1K96_23180, B1K96_30445, BHS81_20640, BIZ41_06975, ...遺伝子: ybl13, ybl13_1, A8G17_04185, AA102_09360, AC789_1c38270, ACN002_3543, ACN81_27750, ACU90_15595, AM270_07745, ARC77_13665, AU473_04475, B1K96_23180, B1K96_30445, BHS81_20640, BIZ41_06975, BK292_07330, BMT53_16880, BN17_33961, BTQ04_07040, BWP17_00645, C5P43_28430, C5Y95_12220, C6986_22200, C7B02_13210, COD46_18440, CR538_01655, CVH05_12360, CXB56_05005, ERS085366_00076, ERS085374_01548, ERS085383_01733, ERS085404_01502, RX35_03224, SAMEA3472031_01067, SAMEA3472035_01725, SAMEA3472046_03089, SAMEA3472089_01664, SAMEA3472114_02231, SAMEA3472140_01493, SAMEA3472152_01575, SAMEA3484446_02490, SAMEA3485110_02685, SAMEA3753064_01902, SAMEA3753068_03922, SAMEA3753290_02356 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7QA90
#3: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.6, 16% PEG3350, 2% Tacsimate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.3→19.874 Å / Num. obs: 14321 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.934 % / B_iso Wilson estimate: 87.68 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.264 / R_rim(I) all: 0.275 / Χ²: 0.86 / Net I/σ(I): 8.68 / Num. measured all: 185225 / Scaling rejects: 5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3.3-3.39	13.208	1.75	1.64	13565	1052	1027	0.727	1.82	97.6
3.39-3.48	13.694	1.458	2.17	13817	1009	1009	0.719	1.515	100
3.48-3.58	13.498	1.087	2.85	13390	992	992	0.838	1.129	100
3.58-3.69	13.364	0.862	3.52	12763	955	955	0.858	0.896	100
3.69-3.81	12.946	0.703	4.15	11923	921	921	0.914	0.732	100
3.81-3.95	12.36	0.56	5.01	11186	905	905	0.946	0.584	100
3.95-4.1	12.708	0.428	6.16	11221	883	883	0.985	0.446	100
4.1-4.26	13.551	0.339	8.23	11288	833	833	0.982	0.353	100
4.26-4.45	13.448	0.254	10.42	10826	805	805	0.988	0.264	100
4.45-4.67	13.239	0.225	11.39	10538	796	796	0.993	0.234	100
4.67-4.92	12.945	0.207	11.61	9372	724	724	0.993	0.215	100
4.92-5.22	12.218	0.222	10.81	8687	711	711	0.989	0.232	100
5.22-5.58	12.849	0.24	10.41	8583	668	668	0.988	0.25	100
5.58-6.03	13.489	0.217	10.94	8134	604	603	0.995	0.225	99.8
6.03-6.6	13.084	0.189	12.18	7471	571	571	0.996	0.197	100
6.6-7.38	12.047	0.141	15.37	6421	533	533	0.995	0.148	100
7.38-8.53	11.66	0.1	19.46	5480	470	470	0.997	0.105	100
8.53-10.44	12.533	0.079	24.11	5013	400	400	0.998	0.083	100
10.44-14.77	11.071	0.07	25.73	3587	324	324	0.998	0.073	100
14.77-19.874	10.262	0.074	21.92	1960	199	191	0.998	0.078	96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12-2829_1309	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6AJM

6ajm

解像度: 3.302→19.874 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3381	711	5 %
R_work	0.2782	13517	-
obs	0.281	14228	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 242.57 Å² / B_iso mean: 104.616 Å² / B_iso min: 43.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.302→19.874 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4946	0	102	0	5048
B_iso mean	-	-	114.04	-	-
残基数	-	-	-	-	623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5126
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.102	6934
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.148	785
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	890
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.028	3140

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.3023-3.5559	0.3627	139	0.3583	2641	2780	99
3.5559-3.9113	0.3754	140	0.3266	2671	2811	100
3.9113-4.4716	0.321	140	0.2609	2660	2800	100
4.4716-5.6127	0.343	143	0.2591	2726	2869	100
5.6127-19.8743	0.3237	149	0.2579	2819	2968	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0434	1.9107	2.0293	6.8762	0.705	5.6946	0.6403	-1.2581	-0.3707	0.9134	-0.2233	-0.8608	0.6301	-0.0965	-0.1906	0.9256	0.0541	-0.0641	0.9228	-0.0526	0.56	36.2058	62.0823	87.2458
2	1.4791	-1.1342	-0.6001	7.8471	-2.3496	2.5635	-1.4346	0.7465	0.8264	-1.5463	-0.1902	2.1395	0.0107	-0.7298	0.9653	1.723	0.3058	-0.1087	1.2236	0.2053	1.1185	16.4702	48.921	55.9263
3	4.6709	3.557	1.5934	5.6509	3.8432	8.7266	0.4975	-1.0565	-0.3274	0.9633	-0.9683	0.2504	0.7753	-2.0314	0.5229	0.8983	-0.1347	0.0993	1.0894	-0.068	0.6312	20.7901	60.8384	80.2732
4	4.3141	-1.0161	1.2895	6.0272	-6.6348	7.3096	0.7551	3.1961	-2.0328	-0.9536	0.4521	0.6818	3.694	3.9435	-1.5951	0.8079	0.3168	-0.2258	1.3705	-0.4557	0.9757	36.3897	-2.4685	25.5664
5	9.5218	1.1557	2.6538	6.6444	-3.1895	2.7931	0.4844	1.0285	-0.6716	-1.3065	0.3663	-1.4378	-0.6211	0.5995	-0.9689	1.1436	0.2157	0.2488	1.0948	-0.3424	0.9152	41.4586	9.5673	24.2321
6	8.2149	2.2897	0.7397	7.0018	4.5912	5.3526	0.0493	0.2556	0.6394	-0.7584	0.3918	-0.9017	-0.3416	0.4352	-0.3974	0.6888	0.183	0.1779	0.6084	0.0107	0.7795	39.9833	12.9944	31.1336
7	4.343	7.6597	-2.3721	2.0083	-3.5296	1.5879	0.3778	0.7964	-1.2642	-1.3186	0.2995	-2.8164	-0.2858	2.1556	-0.9221	1.8038	0.0597	-0.0961	1.4481	-0.3839	0.7561	42.6301	1.4462	21.8746
8	2.8442	-0.8229	-0.6138	2.8255	-0.7336	4.4618	0.588	0.1916	-0.064	0.252	0.5661	0.7139	0.9569	0.0737	0.7165	0.7763	-0.2715	0.2317	0.567	0.1257	0.1524	31.557	12.2106	38.9747
9	4.7826	-2.75	-2.603	4.4212	3.7495	5.5599	-0.1162	-0.7963	-0.5177	-0.2116	1.316	-0.9577	-0.9236	1.5466	-0.2371	-0.9549	-0.8333	-1.7482	1.3921	0.2884	-0.2374	26.558	16.6214	48.234
10	6.7335	4.3405	0.1238	6.2044	1.5879	7.8554	1.0672	0.1936	1.6751	-2.4991	-1.7003	1.4958	-0.8497	-1.1587	-0.0178	1.1739	0.4766	0.018	1.1267	0.052	0.7243	28.6837	8.7332	22.4663
11	5.479	-0.6039	1.8819	4.7353	3.4939	5.009	0.2565	0.4912	-0.576	-0.3182	0.4391	0.6552	1.5263	-0.272	-0.4419	0.9433	-0.0946	-0.1926	0.598	0.0354	0.4475	27.0385	6.2332	38.9219
12	7.1874	-3.7905	-5.6087	3.9085	2.9348	4.237	0.194	0.6647	0.4025	-1.0759	-0.1423	-0.0655	-0.3885	-1.8235	-0.2922	0.6889	0.0202	-0.2583	0.986	-0.0507	0.7447	18.1402	16.2994	33.9524
13	3.4138	-2.8678	0.8085	3.5118	0.7825	2.079	0.1346	-0.2343	-1.4335	0.3425	1.0395	2.883	-0.2217	0.3325	-1.4856	0.7221	-0.1864	0.073	0.7276	-0.0134	0.9613	20.0847	3.8487	42.4821
14	7.9715	2.8268	0.2063	3.564	2.3792	8.977	-0.0127	0.2941	-0.7589	0.5093	0.2776	-1.8838	-0.3127	1.1366	-0.4494	0.6535	-0.1178	0.0805	0.7804	-0.076	1.189	53.9561	33.9482	68.597
15	6.0608	-6.1509	-2.8002	6.1982	3.4602	5.2588	0.77	-0.1075	-1.3644	0.3955	-0.9283	0.6478	-0.8709	-0.2139	0.0735	1.0946	-0.3492	-0.1145	0.634	-0.0849	1.1647	42.255	42.3941	66.7731
16	6.6001	-2.9204	0.1694	8.3772	3.7454	4.6786	-0.0305	-0.8964	0.1996	0.7842	-0.7307	1.2038	0.6697	-0.6877	0.7493	0.7246	-0.2318	-0.1294	1.7369	-0.0695	0.7947	13.3772	54.2859	70.0801
17	2.053	-0.633	-0.9694	7.9817	3.9113	3.0244	-0.9472	-0.5559	-0.6649	1.0208	-2.038	3.3902	0.664	-1.4627	-0.0101	1.0322	1.3969	0.2128	2.1423	-0.2478	1.1718	16.3378	72.7214	85.7845
18	9.3108	-2.6899	-0.4337	3.2788	4.6278	8.6227	0.0473	0.6018	0.7163	-1.6432	-0.008	-1.9296	-1.39	0.3336	-0.1492	1.1049	-0.1583	0.1208	0.5501	0.1449	1.2111	52.0314	41.6835	43.8879
19	5.2328	7.1725	6.7584	9.3547	8.6607	9.7111	1.7913	0.0821	-0.3444	1.1154	-0.9645	-0.0121	1.6139	0.0953	-0.4254	0.5266	0.1297	0.0669	0.6154	-0.0406	0.8714	43.1984	30.5309	47.3954
20	5.1331	-2.0006	-1.46	8.282	5.9466	7.4702	-0.1682	0.1807	-0.3383	-0.2339	0.4093	0.9027	0.7666	-1.0268	-0.2299	0.7837	-0.2234	-0.211	0.9682	0.2673	0.7305	17.4937	9.0865	41.0194
21	5.2841	2.1587	2.738	5.6645	-0.5943	2.2065	0.0883	-0.0951	0.758	0.2439	-0.3269	-0.3745	0.1387	0.3991	0.0779	0.8508	-0.1021	-0.355	0.7093	0.0437	0.9938	49.4612	45.3702	71.9413
22	2.6759	5.1205	5.4572	8.1354	9.0445	9.0842	-0.4193	-0.2984	0.4577	1.696	-1.1522	1.6583	1.4968	-0.7971	1.341	1.2972	-0.0186	-0.2598	0.672	-0.0988	0.9907	41.5447	21.9837	60.0897
23	8.2561	-3.9591	2.757	7.1814	-2.1098	5.8604	0.2713	1.2767	-2.6778	-0.2083	-0.6315	0.1407	1.435	0.4123	0.0243	0.7279	0.0272	0.1862	0.6487	-0.203	1.2059	49.5072	29.4616	39.774
24	6.4337	-7.8117	-7.6776	7.9034	8.1568	7.1355	-0.0712	0.1591	-0.1499	-0.1096	-0.2702	-0.1359	-0.3943	-0.3371	0.0778	0.6851	-0.1954	0.0519	0.6431	-0.0469	0.7389	39.1068	50.4346	55.4854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 69 )	A	1 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 87 )	A	70 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 88 through 172 )	A	88 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 8 )	B	1 - 8
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 9 through 24 )	B	9 - 24
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 25 through 51 )	B	25 - 51
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 52 through 59 )	B	52 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 60 through 69 )	B	60 - 69
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 70 through 93 )	B	70 - 93
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 94 through 106 )	B	94 - 106
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 107 through 137 )	B	107 - 137
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 138 through 158 )	B	138 - 158
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 159 through 172 )	B	159 - 172
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 6 through 31 )	C	6 - 31
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 32 through 52 )	C	32 - 52
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 53 through 75 )	C	53 - 75
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 76 through 86 )	C	76 - 86
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 6 through 31 )	D	6 - 31
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 32 through 52 )	D	32 - 52
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 53 through 86 )	D	53 - 86
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 6 through 31 )	E	6 - 31
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 32 through 71 )	E	32 - 71
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 6 through 31 )	F	6 - 31
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 32 through 71 )	F	32 - 71

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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