PDB-6aj5: Crystal structure of ligand-free type DHODH from Eimeria tenella

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aj5

タイトル

Crystal structure of ligand-free type DHODH from Eimeria tenella

要素

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Coccidium / mitochondria / electron transport chain / dihydroorotate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Shiba, T. / Inaoka, D.K. / Sato, D. / Hartuti, E.D. / Amalia, E. / Nagahama, M. / Yoshioka, Y. / Matsubayashi, M. / Balogun, E.O. / Tsuji, N. ...

引用

ジャーナル: Genes (Basel) / 年: 2020
タイトル: Structural and Biochemical Features of Eimeria tenella Dihydroorotate Dehydrogenase, a Potential Drug Target.
著者: Sato, D. / Hartuti, E.D. / Inaoka, D.K. / Sakura, T. / Amalia, E. / Nagahama, M. / Yoshioka, Y. / Tsuji, N. / Nozaki, T. / Kita, K. / Harada, S. / Matsubayashi, M. / Shiba, T.

履歴

登録	2018年8月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aj5.cif.gz	578.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aj5.ent.gz	479.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aj5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6aj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6aj5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ajeC 6idjC 3w7rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cqa-2 6ie2-1 5hin-d 6ie2-2 6l94-d 4qsf-d 3nur-d 6cjg-d 4b7n-d 3hhq-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

C: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

D: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

198 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	248.808, 248.808, 248.808
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase 分子量: 48792.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム) 遺伝子: ETH_00004975 / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: U6KL66, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸分子量: 156.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₂O₄
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES, 3.0 M ammonium sulfate / PH範囲: 7.0-7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 32346 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique obs: 1587 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W7R

3w7r

解像度: 3.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.857 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.731 / SU B: 99.954 / SU ML: 0.692 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.811 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.35881	1493	4.8 %	RANDOM
R_work	0.27177	-	-	-
obs	0.27586	29340	95.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.361 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11285	0	168	0	11453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	11653
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.796	1.991	15753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.13	3	26075
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.314	5	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.308	23.484	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.688	15	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.872	15	115
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	13062
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.932	2.364	5772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.932	2.364	5771
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.731	3.539	7201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.731	3.539	7202
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.556	2.495	5881
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.556	2.495	5880
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.096	3.706	8553
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.601	18.891	13660
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.601	18.891	13661
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.501→3.589 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.409	74	-
R_work	0.325	1147	-
obs	-	-	52.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6507	-0.0363	-0.2105	1.1557	-0.8045	1.5262	0.1817	0.0389	0.0169	-0.0459	-0.0463	-0.1094	0.0812	-0.1028	-0.1353	0.2494	0.0505	0.0492	0.1206	0.1518	0.2066	28.7623	251.1616	287.0332
2	0.2048	0.1257	0.1934	1.7476	-0.7216	1.5598	0.1064	-0.1469	-0.0209	-0.0531	-0.0415	-0.1775	-0.0428	-0.152	-0.0648	0.2022	-0.1444	-0.1007	0.1972	0.1349	0.238	28.5835	233.0624	321.4066
3	0.1521	0.0918	0.4696	1.4425	0.779	1.8419	0.0621	0.0954	-0.0912	-0.0255	0.0631	0.1519	-0.0756	0.1887	-0.1253	0.223	0.1231	-0.0926	0.1872	-0.2091	0.2857	82.6664	246.3121	300.4359
4	0.2522	0.1021	-0.4789	1.4997	0.69	1.4774	0.0062	-0.0595	-0.0043	0.0462	-0.0628	0.116	0.074	0.1157	0.0566	0.1951	-0.0595	0.1216	0.1469	-0.1914	0.2886	82.7195	264.4402	334.6636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 402
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	18 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	18 - 402
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	18 - 402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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