PDB-6aii: Catalytic domain of PdAgaC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aii

タイトル

Catalytic domain of PdAgaC

要素

Beta-agarase

キーワード

LYASE / Agarase

機能・相同性

Jelly Rolls - #200 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Persicobacter (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Teh, A.H. / Fazli, N.H.

資金援助

マレーシア, 1件

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a neoagarobiose-producing GH16 family beta-agarase from Persicobacter sp. CCB-QB2.
著者: Teh, A.H. / Fazli, N.H. / Furusawa, G.

履歴

登録	2018年8月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aii.cif.gz	91 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aii.ent.gz	66.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aii.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6aii_validation.pdf.gz	425.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6aii_full_validation.pdf.gz	426.1 KB	表示
XML形式データ	6aii_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	6aii_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6aii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6aii	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4asmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bgw-d 3zf8-d 4lxl-d 1jn5-d 6bgv-d 5iw0-d 2rit-d 2i6a-3 1bh5-1 6zfn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-agarase

ヘテロ分子

38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.779, 76.779, 166.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Beta-agarase 分子量: 38439.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_053404800.1 / 由来: (組換発現) Persicobacter (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 14% PEG 20,000, 0.1 M sodium HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→34.34 Å / Num. obs: 62074 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.39 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 2.41 % / R_merge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0222	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ASM

4asm

解像度: 1.63→34.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.377 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.075

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19777	3104	5 %	RANDOM
R_work	0.17358	-	-	-
obs	0.17481	58945	98.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.056 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.29 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.63→34.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2679	0	1	356	3036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.014	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.846	1.735	3791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.64	1.715	5365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.365	5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.017	21	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.194	15	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.119	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.182	2.306	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.182	2.307	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.01	3.451	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.013	3.451	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.337	2.633	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.336	2.633	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.804	3.818	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.962	29.234	3234
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.81	28.538	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	210	-
R_work	0.369	3755	-
obs	-	-	86.67 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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