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万見
- PDB-6ai5: Disulfide-free, Zn-directed tetramer of the engineered cyt cb562 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ai5
タイトルDisulfide-free, Zn-directed tetramer of the engineered cyt cb562 variant, C96T/A104AB3
要素Soluble cytochrome b562
キーワードELECTRON TRANSPORT / de novo protein
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Song, W.J. / Tezcan, F.A.
資金援助 韓国, 米国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2016R1C1B2007898 韓国
National Science Foundation (United States)CHE1306646 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Disulfide-free, Zn-directed tetramer of the engineered cyt cb562 variant, C96T/A104AB3
著者: Song, W.J. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
E: Soluble cytochrome b562
G: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,36425
ポリマ－47,1004
非ポリマー3,26421
水8,917495
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, AUC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12380 Å2
ΔGint-475 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.562, 76.871, 96.425
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-419-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14C
24E
15C
25G
16E
26G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 106 / Label seq-ID: 1 - 106

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21CB
12AA
22EC
13AA
23GD
14CB
24EC
15CB
25GD
16EC
26GD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ACEG

#1: タンパク質
Soluble cytochrome b562 / C96T/A104AB3


分子量: 11775.120 Da / 分子数: 4 / 変異: C96T/A104AB3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7

-
非ポリマー , 5種, 516分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12.5% PEG 3350, pH 7.5, 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.9817 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9817 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→38.44 Å / Num. obs: 36906 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.8 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.81-1.910.15653560.9650.0270.0530.045100
5.72-38.440.04512050.9930.0180.0360.03199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→36.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.932 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.13
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2093 1895 5.1 %RANDOM
Rwork0.1753 ---
obs0.1771 34927 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.8 Å2 / Biso mean: 27.084 Å2 / Biso min: 13.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å21.03 Å2
2---1.35 Å2-0 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→36.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3300 0 189 495 3984
Biso mean--24.66 33.21 -
残基数----424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0153596
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.7394910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0081.7057243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7845422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.56825.525181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.47615577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.813158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02660
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A32560.1
12C32560.1
21A33070.09
22E33070.09
31A33440.08
32G33440.08
41C31870.11
42E31870.11
51C32280.1
52G32280.1
61E33510.07
62G33510.07
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.857 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 132 -
Rwork0.178 2593 -
all-2725 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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