PDB-6ah7: D45W/H226G mutant of marine bacterial prolidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ah7

タイトル

D45W/H226G mutant of marine bacterial prolidase

要素

Xaa-Pro dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / paraoxonase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoric triester hydrolase activity / Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / metalloexopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudoalteromonas lipolytica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Jian, Y. / Yunzhu, X. / Lijuan, L.

引用

ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 2020
タイトル: Repurposing a bacterial prolidase for organophosphorus hydrolysis: Reshaped catalytic cavity switches substrate selectivity.
著者: Yang, J. / Xiao, Y.Z. / Li, R. / Liu, Y. / Long, L.J.

履歴

登録	2018年8月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月25日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.3	2020年9月23日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ah7.cif.gz	373 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ah7.ent.gz	303.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ah7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ah7_validation.pdf.gz	477 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ah7_full_validation.pdf.gz	500.8 KB	表示
XML形式データ	6ah7_validation.xml.gz	67.5 KB	表示
CIF形式データ	6ah7_validation.cif.gz	93.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/6ah7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/6ah7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ah8C 4zwoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7e5c-1 4zwu-d 6sre-d 4zwo-d 5mc1-d 4qr8-d 6qsc-d 7e5c-2 3rva-1 6srg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Xaa-Pro dipeptidase

B: Xaa-Pro dipeptidase

C: Xaa-Pro dipeptidase

D: Xaa-Pro dipeptidase

ヘテロ分子

207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Xaa-Pro dipeptidase

B: Xaa-Pro dipeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Xaa-Pro dipeptidase

D: Xaa-Pro dipeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.632, 183.632, 371.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Proline dipeptidase / Prolidase 分子量: 51629.164 Da / 分子数: 4 / 変異: D45W/H226G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas lipolytica (バクテリア) 遺伝子: pepQ, SAMN04487854_12236 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I7CHQ2, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M Ammonium sulfate, 5% PEG400, 100 mM MES pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→67.29 Å / Num. obs: 94764 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 19.8 % / R_merge(I) obs: 0.198 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.38→2.5 Å / R_merge(I) obs: 1.498 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 14041 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4zwo

4zwo

解像度: 2.38→67.29 Å / 交差検証法: NONE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2693	4417	-
R_work	0.2332	-	-
obs	-	91647	97.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→67.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14256	0	14	565	14835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14824
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.641	20150
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.689	12088
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2105
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2663

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3759-2.4029	0.3468	152	0.3007	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4029-2.4312	0.2831	161	0.2785	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4312-2.4608	0.3424	145	0.2652	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4608-2.492	0.3004	141	0.2629	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.492-2.5248	0.265	143	0.2567	3031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5248-2.5594	0.3129	166	0.2601	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5594-2.5959	0.3758	155	0.2744	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5959-2.6347	0.2826	137	0.2854	2714	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6347-2.6758	0.5237	68	0.5158	1787	X-RAY DIFFRACTION	69
2.6758-2.7197	0.4213	150	0.3513	2663	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7197-2.7666	0.3085	152	0.2623	3054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7666-2.8169	0.264	142	0.2465	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8169-2.8711	0.2936	142	0.2419	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8711-2.9297	0.277	148	0.2378	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9297-2.9934	0.2695	158	0.2315	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9934-3.063	0.274	157	0.2489	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
3.063-3.1396	0.3247	178	0.2543	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1396-3.2245	0.3408	148	0.248	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2245-3.3194	0.2794	162	0.2518	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3194-3.4265	0.415	120	0.2819	2783	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4265-3.549	0.365	155	0.3106	2845	X-RAY DIFFRACTION	92
3.549-3.6911	0.3116	64	0.2447	1161	X-RAY DIFFRACTION	38
3.6911-3.8591	0.2813	146	0.2288	2897	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8591-4.0625	0.2991	137	0.2729	2877	X-RAY DIFFRACTION	93
4.0625-4.317	0.2197	153	0.182	3070	X-RAY DIFFRACTION	99
4.317-4.6502	0.1958	154	0.1652	3087	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6502-5.1181	0.1911	156	0.1668	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1181-5.8583	0.2232	164	0.185	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8583-7.3794	0.2202	179	0.2114	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3794-67.3136	0.199	184	0.1817	3204	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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