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- PDB-6agi: Crystal Structure of EFHA2 in Ca-binding State -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6agi
タイトルCrystal Structure of EFHA2 in Ca-binding State
要素Calcium uptake protein 3, mitochondrial
キーワードCALCIUM BINDING PROTEIN / mitochondrial / calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


Processing of SMDT1 / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Calcium uptake protein 1/2/3 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Calcium uptake protein 3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.799 Å
データ登録者Yangfei, X. / Xue, Y. / Yuequan, S.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Dimerization of MICU Proteins Controls Ca2+Influx through the Mitochondrial Ca2+Uniporter.
著者: Xing, Y. / Wang, M. / Wang, J. / Nie, Z. / Wu, G. / Yang, X. / Shen, Y.
履歴
登録2018年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium uptake protein 3, mitochondrial
B: Calcium uptake protein 3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7438
ポリマ－89,4732
非ポリマー2696
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area29540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.387, 77.177, 172.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calcium uptake protein 3, mitochondrial / EF-hand domain-containing family member A2


分子量: 44736.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU3, EFHA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus / 参照: UniProt: Q86XE3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 20 mM CHES pH 9.5, 200 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 2 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9681 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9681 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.799→50 Å / Num. obs: 22892 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.799→2.9 Å / Num. unique obs: 2218 / Rsym value: 0.767

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2666: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AGJ

6agj


解像度: 2.799→48.7 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.3 / 位相誤差: 24.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 1939 8.8 %
Rwork0.197 --
obs0.2025 22040 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.799→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4995 0 10 56 5061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4187041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.53096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069781
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008905
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7994-2.86940.41611250.3081261X-RAY DIFFRACTION87
2.8694-2.9470.33661280.27261342X-RAY DIFFRACTION91
2.947-3.03370.32891310.23911343X-RAY DIFFRACTION93
3.0337-3.13160.33451360.23361374X-RAY DIFFRACTION93
3.1316-3.24350.27061300.21271397X-RAY DIFFRACTION95
3.2435-3.37330.29291380.20921441X-RAY DIFFRACTION97
3.3733-3.52680.26441370.1881426X-RAY DIFFRACTION97
3.5268-3.71270.25761420.1831462X-RAY DIFFRACTION99
3.7127-3.94520.25691420.15761459X-RAY DIFFRACTION99
3.9452-4.24970.24171420.1541466X-RAY DIFFRACTION99
4.2497-4.6770.18531410.15151484X-RAY DIFFRACTION99
4.677-5.3530.20741440.16551505X-RAY DIFFRACTION100
5.353-6.74140.24361480.22441531X-RAY DIFFRACTION100
6.7414-48.7070.22961550.20581610X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9250.5679-0.4941.52210.90221.40550.004-1.7913-0.13860.4904-0.1933-0.25710.2285-0.0179-0.02120.2836-0.1442-0.01651.0489-0.18150.281922.412747.611479.1527
22.2298-1.09990.16852.20420.13152.3044-0.1115-0.340.62690.1219-0.1672-0.2137-0.09810.2927-0.20040.076-0.1353-0.11660.3106-0.15670.316625.134850.093963.9134
36.29842.78490.05022.65540.84012.89620.169-0.3845-1.13920.1986-0.058-0.01640.3584-0.081-0.0742-0.1327-0.18420.01910.178-0.02440.498229.676236.90953.434
43.5011.41992.16518.96641.67813.17720.11150.6172-1.0793-0.1250.3317-0.42720.61310.1834-0.42820.30720.0176-0.00660.3268-0.2130.637826.683429.908347.1503
56.18610.23160.76013.26830.7052.32010.19620.015-0.217-0.292-0.29680.14480.0752-0.35860.0180.17730.0105-0.03320.1463-0.06730.209713.94840.103247.4736
62.8753-0.589-0.43392.21510.07132.6294-0.10340.4073-0.3741-0.472-0.31420.79890.3084-0.59730.0340.0793-0.0338-0.08340.2295-0.10250.4864-17.772733.607238.0912
72.4897-1.2402-0.05471.58780.61511.70250.01760.14520.4083-0.3679-0.15830.3076-0.2491-0.05490.02620.13750.0603-0.0540.0762-0.00890.1727-9.46249.011943.5247
80.4097-1.2284-0.52216.26151.39490.70370.38360.42330.1473-0.8756-0.5082-0.8013-0.0504-0.15560.17920.37210.11940.02410.22710.07150.3498-5.805339.638631.8851
94.0921.2016-0.00361.41250.26122.6332-0.1406-0.16950.0382-0.0478-0.07480.2831-0.1973-0.1835-0.098-0.0055-0.0994-0.0498-0.02430.00330.3824-14.494848.87752.8711
104.02970.14630.78391.22010.32451.81080.0944-1.4264-0.65320.363-0.18880.07170.43470.0005-0.00030.1839-0.0338-0.02130.66530.16190.3821-7.950539.870270.4644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 142 through 356 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 357 through 380 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 381 through 398 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 399 through 422 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 423 through 503 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 135 through 197 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 198 through 253 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 254 through 356 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 357 through 380 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 381 through 502 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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