+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6agi | ||||||
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Title | Crystal Structure of EFHA2 in Ca-binding State | ||||||
Components | Calcium uptake protein 3, mitochondrial | ||||||
Keywords | CALCIUM BINDING PROTEIN / mitochondrial / calcium | ||||||
Function / homology | Function and homology information Processing of SMDT1 / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.799 Å | ||||||
Authors | Yangfei, X. / Xue, Y. / Yuequan, S. | ||||||
Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2019 Title: Dimerization of MICU Proteins Controls Ca2+Influx through the Mitochondrial Ca2+Uniporter. Authors: Xing, Y. / Wang, M. / Wang, J. / Nie, Z. / Wu, G. / Yang, X. / Shen, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6agi.cif.gz | 270 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6agi.ent.gz | 216.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6agi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6aghC 6agjSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44736.629 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MICU3, EFHA2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Codon Plus / References: UniProt: Q86XE3 #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-IMD / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 Details: 20 mM CHES pH 9.5, 200 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 2 mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9681 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 25, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9681 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.799→50 Å / Num. obs: 22892 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.799→2.9 Å / Num. unique obs: 2218 / Rsym value: 0.767 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6AGJ Resolution: 2.799→48.7 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.3 / Phase error: 24.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.799→48.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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