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- PDB-6aed: Crystal Structure of the four Ig-like domain of LILRB2(LIR2/ILT4/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aed
タイトルCrystal Structure of the four Ig-like domain of LILRB2(LIR2/ILT4/CD85d)
要素Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / leukocyte immunoglobulin-like receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation / negative regulation of postsynaptic density organization / negative regulation of T cell costimulation / positive regulation of tolerance induction / MHC class Ib protein complex binding / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / positive regulation of long-term synaptic depression ...negative regulation of antigen processing and presentation / negative regulation of postsynaptic density organization / negative regulation of T cell costimulation / positive regulation of tolerance induction / MHC class Ib protein complex binding / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / positive regulation of long-term synaptic depression / immune response-regulating signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell tolerance induction / protein phosphatase 1 binding / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of long-term synaptic potentiation / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of protein metabolic process / MHC class I protein binding / negative regulation of calcium ion transport / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / cellular defense response / positive regulation of T cell proliferation / cell adhesion molecule binding / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-6 production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / immune response / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.797 Å
データ登録者Wang, Q. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Cell. Mol. Immunol. / 年: 2019
タイトル: Structures of the four Ig-like domain LILRB2 and the four-domain LILRB1 and HLA-G1 complex.
著者: Wang, Q. / Song, H. / Cheng, H. / Qi, J. / Nam, G. / Tan, S. / Wang, J. / Fang, M. / Shi, Y. / Tian, Z. / Cao, X. / An, Z. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2018年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5791
ポリマ－43,5791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20210 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)172.196, 172.196, 65.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2


分子量: 43579.008 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-419 / 変異: V213M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / Variant (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q8N423
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 25%(v/v) tert-butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.797→50 Å / Num. obs: 11011 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 16.83
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / Num. unique obs: 1114

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GW5, 4LLA

2gw5

4lla


解像度: 3.797→42.752 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2873 521 4.73 %
Rwork0.2639 --
obs0.2651 11011 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.797→42.752 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2983 0 0 0 2983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7024200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9661139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7971-4.1790.35011210.31552489X-RAY DIFFRACTION94
4.179-4.7830.2721310.24232644X-RAY DIFFRACTION100
4.783-6.02340.28571350.25472662X-RAY DIFFRACTION100
6.0234-42.75450.2591340.25532695X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.076 Å / Origin y: -65.0019 Å / Origin z: 5.175 Å
111213212223313233
T-0.1078 Å2-0.1089 Å2-0.2124 Å2-0.3229 Å20.0033 Å2--0.0636 Å2
L0.0363 °20.0092 °20.0498 °2--0.0208 °20.0351 °2--0.0467 °2
S-0.0674 Å °-0.0325 Å °0.0904 Å °-0.029 Å °0.0412 Å °0.0361 Å °-0.2336 Å °0.0355 Å °0.0016 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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