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- PDB-6ae3: Crystal structure of GSK3beta complexed with Morin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ae3
タイトルCrystal structure of GSK3beta complexed with Morin
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードSIGNALING PROTEIN / Kinase / Flavonoid
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatic stellate cell activation / negative regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of protein localization to centrosome / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of neuron maturation / Beta-catenin phosphorylation cascade / CRMPs in Sema3A signaling / re-entry into mitotic cell cycle / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane ...hepatic stellate cell activation / negative regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of protein localization to centrosome / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of neuron maturation / Beta-catenin phosphorylation cascade / CRMPs in Sema3A signaling / re-entry into mitotic cell cycle / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / positive regulation of osteoclast proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of neuron migration / myotube differentiation / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / protein localization to microtubule / negative regulation of dendrite morphogenesis / neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / negative regulation of dendrite development / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / positive regulation of stem cell differentiation / response to methamphetamine hydrochloride / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of protein localization to centrosome / maintenance of cell polarity / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / positive regulation of cilium assembly / autosome genomic imprinting / tau-protein kinase / beta-catenin destruction complex / meiosis I / bone remodeling / myoblast fusion / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / TORC2 signaling / regulation of protein export from nucleus / regulation of modification of postsynaptic structure / cellular response to interleukin-3 / positive regulation of osteoclast differentiation / phosphorylation / regulation of long-term synaptic potentiation / Wnt signalosome / negative regulation of TOR signaling / regulation of microtubule-based process / meiotic spindle / regulation of axon extension / positive regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of protein localization to nucleus / cellular response to glucocorticoid stimulus / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / cytoplasmic translational initiation / positive regulation of cell-matrix adhesion / response to zinc ion / tau-protein kinase activity / glycogen metabolic process / ER overload response / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of osteoblast proliferation / hepatocyte apoptotic process / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of neuron projection development / protein kinase A catalytic subunit binding / establishment of cell polarity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / establishment or maintenance of cell polarity / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / dynein complex binding / dynactin binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / epithelial to mesenchymal transition / regulation of neuronal synaptic plasticity / canonical Wnt signaling pathway / conditioned place preference / NF-kappaB binding / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / fat cell differentiation / positive regulation of axon extension / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of protein-containing complex assembly / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of insulin receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MRI / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Kim, K.L. / Cha, J.S. / Kim, J.S. / Ahn, J.S. / Ha, N.C. / Cho, H.S.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of GSK3 beta in complex with the flavonoid, morin
著者: Kim, K. / Cha, J.S. / Kim, J.S. / Ahn, J. / Ha, N.C. / Cho, H.S.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
C: Glycogen synthase kinase-3 beta
D: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,36210
ポリマ－187,3894
非ポリマー9736
水7,602422
1
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4836
ポリマ－93,6942
非ポリマー7894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Glycogen synthase kinase-3 beta
D: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8794
ポリマ－93,6942
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.588, 134.360, 100.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 46847.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tyrosine 217 is phosphorylated. / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsk3b
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WV60, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MRI / 2-[2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-3,5,7-tris(oxidanyl)chromen-4-one / Morin


分子量: 302.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Sodium Citrate (pH6.5), 18%(v/v) PEG 4000, 5%(v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 83 K / Ambient temp details: 83
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 93509 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 38.17
反射 シェル解像度: 2.14→2.18 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.14 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22626 4608 4.9 %RANDOM
Rwork0.1906 ---
obs0.19236 88879 97.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.981 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å21.2 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.14→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10463 0 68 422 10953
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01410789
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0179620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4851.67614754
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9691.63222419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.19951339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.2221.394495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.678151610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5551567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9344.8275412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9324.8265411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6067.2096731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.6067.216732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1714.9585377
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1684.9585377
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0787.3658024
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.04388.81644513
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.03588.89344226
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.195 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 309 -
Rwork0.268 6267 -
obs--93.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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