[日本語] English
- PDB-6ae1: Crystal structure of Csm2 of the type III-A CRISPR-Cas effector c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ae1
タイトルCrystal structure of Csm2 of the type III-A CRISPR-Cas effector complex
要素CRISPR-associated protein, TM1810 family
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CRISPR-Cas / Cas protein / crRNA / Csm complex
機能・相同性CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / defense response to virus / RNA binding / CRISPR system Cms protein Csm2
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.405 Å
データ登録者Numata, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号
Japan Society for the Promotion of Science16H04759 日本
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / : 2019
タイトル: Crystal Structures of Csm2 and Csm3 in the Type III-A CRISPR-Cas Effector Complex.
著者: Takeshita, D. / Sato, M. / Inanaga, H. / Numata, T.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein, TM1810 family
B: CRISPR-associated protein, TM1810 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5912
ポリマ-35,5912
非ポリマー00
362
1
A: CRISPR-associated protein, TM1810 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7961
ポリマ-17,7961
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CRISPR-associated protein, TM1810 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7961
ポリマ-17,7961
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.496, 67.503, 69.638
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein, TM1810 family / Csm2


分子量: 17795.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: SERP2460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HK90
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 180 mM Li2SO4, 90 mM HEPES-Na (pH 7.5), 22.5% (w/v) PEG3350, 10 mM sarcosine

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97875 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 12646 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 48.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 84040
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.445.60.5056060.8270.230.5560.44599.8
2.44-2.496.50.4436780.9270.1860.4810.49299.9
2.49-2.536.70.3675790.9440.1510.3970.456100
2.53-2.596.50.3226480.9370.1360.3510.475100
2.59-2.646.60.3035940.9550.1270.3290.461100
2.64-2.770.2546600.9690.1030.2740.479100
2.7-2.776.80.2186070.9690.090.2360.506100
2.77-2.856.80.1946250.9770.080.210.52100
2.85-2.936.50.1726510.980.0730.1870.521100
2.93-3.026.90.1486500.980.060.160.683100
3.02-3.136.70.1346240.9880.0560.1450.619100
3.13-3.266.70.1195930.9910.050.1290.608100
3.26-3.416.90.0976410.9960.0390.1050.689100
3.41-3.586.60.0856440.9940.0350.0921.371100
3.58-3.816.70.0666210.9970.0270.0710.922100
3.81-4.16.60.0566470.9980.0240.0610.91100
4.1-4.5270.066290.9950.0240.0651.936100
4.52-5.176.70.0576370.9970.0240.0621.379100
5.17-6.516.70.0726520.9960.030.0782.196100
6.51-506.40.0576600.9970.0240.0625.237100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.405→49.308 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 615 4.86 %
Rwork0.212 --
obs0.213 12643 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.07 Å2 / Biso mean: 61.7128 Å2 / Biso min: 33.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.405→49.308 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1938 0 0 2 1940
Biso mean---55.88 -
残基数----228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3762646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d1.9981194
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4051-2.64710.25971480.24782945309399
2.6471-3.03010.25851500.225630433193100
3.0301-3.81740.24071620.215429693131100
3.8174-49.31880.21611550.200330713226100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.51840.76622.52682.0756-2.01489.0725-0.68080.1844-0.5093-0.29310.389-1.1392-0.0731.12640.16740.3982-0.0930.00870.8650.060.650747.33528.0177.612
25.0197-1.392-1.11657.3981.87927.83840.0481-0.08790.19240.3360.25630.51540.3344-0.7856-0.26480.41190.04790.0010.51220.08010.547231.82831.6292.222
37.43730.4249-1.78986.5015-0.28392.05170.34120.9624-1.7429-0.7843-0.0328-0.15172.22620.3016-0.41990.9290.0367-0.19010.8549-0.26410.995432.79917.332-15.276
49.0715-0.9421-0.63252.08730.92059.78920.29641.0269-0.3842-0.99110.32590.88990.4527-0.6974-0.62330.5706-0.0224-0.08090.50760.09110.538831.69131.455-12.689
56.2547-1.94462.14852.7799-1.48433.6007-0.2191-0.0125-0.12660.22750.31730.214-0.2682-0.2679-0.08610.4143-0.00420.01030.40540.06520.443137.26237.573-2.448
66.12410.74122.50773.20340.35198.51450.16570.4108-0.7993-0.22990.13180.17351.01180.4654-0.27770.36850.0206-0.05090.2941-0.00390.508539.7524.497-3.991
74.67940.3235-0.04914.3097-0.25183.1030.0195-0.01970.2590.0450.11630.0286-0.2662-0.1491-0.06070.4537-0.0349-0.00810.5639-0.04250.409820.13813.68712.834
82.7572-0.45824.58275.62010.79538.05590.1676-0.0305-1.73180.28520.203-0.70281.17941.1191-0.24640.91060.21890.10650.7145-0.060.898139.7760.7678.01
99.0893-0.9252-0.30812.16730.80449.845-0.6270.525-0.2191-0.99430.381-1.28630.56261.08890.30480.5332-0.11540.09880.53720.04770.532236.94615.4557.526
103.20880.911-1.84784.1158-4.24687.5080.04550.1701-0.04640.14340.11330.33470.17210.0467-0.07810.3872-0.0778-0.00540.35390.01690.3925.9220.9212.243
118.6369-1.5668-1.58688.59862.76837.0402-0.229-0.995-1.0804-0.22860.1716-0.66741.04021.37070.04480.55020.1420.07610.66980.01530.525137.1357.59616.928
121.25270.3119-0.96513.93710.37235.9137-0.13980.7302-1.0128-0.30680.0117-0.18550.6228-0.45070.17270.488-0.06980.020.3621-0.02490.360519.8318.82113.463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:12 )A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 13:45 )A13 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 46:62 )A46 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 63:72 )A63 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 73:93 )A73 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 94:125 )A94 - 125
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 1:44 )B1 - 44
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 45:62 )B45 - 62
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 63:73 )B63 - 73
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND ( RESID 74:90 OR RESID 91:91 ) )B74 - 90
11X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND ( RESID 74:90 OR RESID 91:91 ) )B91
12X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 92:109 )B92 - 109
13X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 110:125 )B110 - 125

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る