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- PDB-6aca: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Mfd at 3.6 A reso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aca
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis Mfd at 3.6 A resolution
要素Mycobacterium tuberculosis Mfd
キーワードHYDROLASE / Transcription repair coupling factor / Mfd / Transcription regulation / Transcription Coupled Nucleotide Excision Repair.
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / DNA translocase activity / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding ...transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / DNA translocase activity / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily ...Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-repair-coupling factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Putta, S. / Fox, G.C. / Walsh, M.A. / Rao, D.N. / Nagaraja, V. / Natesh, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other governmentBT/HRD/35/02/19/2009 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for nucleotide-mediated remodelling mechanism of Mycobacterium Mfd
著者: Putta, S. / Prabha, S. / Bhat, V. / Fox, G.C. / Walsh, M.A. / Rao, D.N. / Nagaraja, V. / Natesh, R.
履歴
登録2018年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycobacterium tuberculosis Mfd


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,2391
ポリマ－135,2391
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: One molecule in asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area49720 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)224.259, 224.259, 224.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432

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要素

#1: タンパク質 Mycobacterium tuberculosis Mfd


分子量: 135239.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: mfd / プラスミド: pETMtbMfd / 詳細 (発現宿主): MtbMfd gene cloned into pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: P9WMQ5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM HEPES Sodium pH 7.0, 800mM Ammonium Formate, 20% PEG3350, 7.5mM MgCl2.6H2O
PH範囲: 7.0-7.5 / Temp details: Rubarth Incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryo Stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月12日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→39.64 Å / Num. obs: 22846 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 110.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.159 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.6→3.89 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 1.006 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4588 / CC1/2: 0.381 / Rpim(I) all: 0.382 / Rrim(I) all: 1.141 / Rsym value: 1.069 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: 000)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AC8

6ac8


解像度: 3.6→39.64 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 詳細: Phenix refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 1116 4.89 %Random selection
Rwork0.2493 ---
obs0.2518 22838 99.56 %-
原子変位パラメータBiso mean: 114.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→39.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8259 0 0 16 8275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56711474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3965052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041522
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6012-3.7650.39891530.34722647X-RAY DIFFRACTION100
3.765-3.96330.43051400.32072626X-RAY DIFFRACTION98
3.9633-4.21130.33631280.28532668X-RAY DIFFRACTION100
4.2113-4.53610.29061500.25452675X-RAY DIFFRACTION100
4.5361-4.99180.25611410.22992683X-RAY DIFFRACTION99
4.9918-5.71230.33651340.24922713X-RAY DIFFRACTION100
5.7123-7.18980.33151410.26182755X-RAY DIFFRACTION99
7.1898-39.64610.22371290.21522955X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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