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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6abp | |||||||||
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タイトル | SUGAR-BINDING AND CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF AN ARABINOSE-BINDING PROTEIN MUTANT (MET108LEU) WHICH EXHIBITS ENHANCED AFFINITY AND ALTERED SPECIFICITY | |||||||||
要素 | L-ARABINOSE-BINDING PROTEIN | |||||||||
キーワード | BINDING PROTEINS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type monosaccharide transporter activity / L-arabinose transmembrane transport / monosaccharide binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.67 Å | |||||||||
データ登録者 | Vermersch, P.S. / Tesmer, J.J.G. / Quiocho, F.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Sugar-binding and crystallographic studies of an arabinose-binding protein mutant (Met108Leu) that exhibits enhanced affinity and altered specificity. 著者: Vermersch, P.S. / Lemon, D.D. / Tesmer, J.J. / Quiocho, F.A. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: Substrate Specificity and Affinity of a Protein Modulated by Bound Water Molecules 著者: Quiocho, F.A. / Wilson, D.K. / Vyas, N.K. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1984 タイトル: Novel Stereospecificity of the L-Arabinose-Binding Protein 著者: Quiocho, F.A. / Vyas, N.K. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982 タイトル: Hinge-Bending in L-Arabinose-Binding Protein. The "Venus'S-Flytrap" Model 著者: Mao, B. / Pear, M.R. / Mccammon, J.A. / Quiocho, F.A. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Structure of the L-Arabinose-Binding Protein from Escherichia Coli at 2.4 Angstroms Resolution 著者: Gilliland, G.L. / Quiocho, F.A. #5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1981 タイトル: L-Arabinose-Binding Protein-Sugar Complex at 2.4 Angstroms Resolution. Stereochemistry and Evidence for a Structural Change 著者: Newcomer, M.E. / Gilliand, G.L. / Quiocho, F.A. #6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1981 タイトル: The Radius of Gyration of L-Arabinose-Binding Protein Decreases Upon Binding of Ligand 著者: Newcomer, M.E. / Lewis, B.A. / Quiocho, F.A. #7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979 タイトル: The Thiol Group of the L-Arabinose-Binding Protein. Chromophoric Labeling and Chemical Identification of the Sugar-Binding Site 著者: Miller /III, D.M. / Newcomer, M.E. / Quiocho, F.A. #8: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979 タイトル: Location of the Sugar-Binding Site of L-Arabinose-Binding Protein. Sugar Derivative Syntheses, Sugar Binding Specificity, and Difference Fourier Analyses 著者: Newcomer, M.E. / Miller /III, D.M. / Quiocho, F.A. #9: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1977 タイトル: The 2.8-Angstroms Resolution Structure of the L-Arabinose-Binding Protein from Escherichia Coli 著者: Quiocho, F.A. / Gilliland, G.L. / Phillips Jr., G.N. #10: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1976 タイトル: Structure of L-Arabinose-Binding Protein from Escherichia Coli at 5 Angstroms Resolution and Preliminary Results at 3.5 Angstroms 著者: Phillips Jr., G.N. / Mahajan, V.K. / Siu, A.K.Q. / Quiocho, F.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6abp.cif.gz | 75.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6abp.ent.gz | 56 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6abp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6abp_validation.pdf.gz | 403.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6abp_full_validation.pdf.gz | 415.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6abp_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6abp_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/6abp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/6abp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33232.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02924 |
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#2: 糖 | ChemComp-ARA / |
#3: 糖 | ChemComp-ARB / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Biol.Chem. 265.16592-16603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.67 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 35212 / % possible obs: 95 % / Num. measured all: 121531 / Rmerge F obs: 0.0417 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.67→8 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.67 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 31106 / Rfactor obs: 0.16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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