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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6aao | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Methanosarcina mazei PylRS(Y306A/Y384F) complexed with TCO*Lys | ||||||
![]() | Pyrrolysine--tRNA ligase | ||||||
![]() | TRANSLATION / aminoacyl-tRNA synthetase / non-natural amino acids | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yanagisawa, T. / Kuratani, M. / Yokoyama, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Genetic-Code Expansion with Bulky Lysine Derivatives by an Engineered Pyrrolysyl-tRNA Synthetase. 著者: Yanagisawa, T. / Kuratani, M. / Seki, E. / Hino, N. / Sakamoto, K. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6aacC ![]() 6aadC ![]() 6aanC ![]() 6aapC ![]() 6aaqC ![]() 6aazC ![]() 6ab0C ![]() 6ab1C ![]() 6ab2C ![]() 6ab8C ![]() 6abkC ![]() 6ablC ![]() 6abmC ![]() 2zimS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 31346.982 Da / 分子数: 1 / 変異: Y306A, Y384F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pylS / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 302分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/9U0.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/9U0.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ATP / | #4: 化合物 | ChemComp-9U0 / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | The sequence reference Q8PWY1 (PYLS_METMA) is derived from a different strain (Methanosarcina mazei ...The sequence reference Q8PWY1 (PYLS_METMA) is derived from a different strain (Methanosarcina mazei Go1, TaxID 192952). Residue E444G is a natural mutation observed in PylRS gene from Methanosarcina mazei JCM 9314 genome. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tris-HCl (pH 8.5), PEG 200, KCl, MgCl2, sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 54493 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.2 % / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 26.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / Num. unique obs: 2581 / Rpim(I) all: 0.326 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2zim 解像度: 1.403→35.125 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.403→35.125 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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