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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a9n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of KAS III from Propionibacterium acnes | ||||||
![]() | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ketoacyl-ACP synthase | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, W.C. / Cheon, D. / Kim, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of KAS III from Propionibacterium acnes 著者: Cheon, D. / Lee, W.C. / Kim, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35420.027 Da / 分子数: 2 / 変異: C122A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fabH, B1B09_02220 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A2B7IGT3, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.83 % / Mosaicity: 0.271 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 4M potassium formate, 0.1M BIS-TRIS propane pH 9, PEG MME 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月18日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 64032 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 16.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 2.225 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 894357 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.099→35.011 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.099→35.011 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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