[日本語] English
万見
- PDB-6a9f: Crystal structure of a cyclase from Fischerella sp. TAU in comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a9f
タイトルCrystal structure of a cyclase from Fischerella sp. TAU in complex with 4-(1H-Indol-3-yl)butan-2-one
要素aromatic prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase
機能・相同性: / HpiC1 cyclase / metal ion binding / 4-(1~{H}-indol-3-yl)butan-2-one / FisC
機能・相同性情報
生物種Mastigocladus laminosus UTEX LB 1931 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hu, X.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: The Crystal Structure of a Class of Cyclases that Catalyze the Cope Rearrangement
著者: Chen, C.C. / Hu, X. / Tang, X. / Yang, Y. / Ko, T.P. / Gao, J. / Zheng, Y. / Huang, J.W. / Yu, Z. / Li, L. / Han, S. / Cai, N. / Zhang, Y. / Liu, W. / Guo, R.T.
履歴
登録2018年7月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: aromatic prenyltransferase
B: aromatic prenyltransferase
C: aromatic prenyltransferase
D: aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,14017
ポリマ－96,4674
非ポリマー67313
水10,287571
1
A: aromatic prenyltransferase
C: aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4428
ポリマ－48,2342
非ポリマー2096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17060 Å2
手法PISA
2
B: aromatic prenyltransferase
D: aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6989
ポリマ－48,2342
非ポリマー4647
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.729, 53.285, 94.882
Angle α, β, γ (deg.)104.56, 91.14, 94.16
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
aromatic prenyltransferase


分子量: 24116.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mastigocladus laminosus UTEX LB 1931 (バクテリア)
株: UTEX LB 1931 / 遺伝子: fisC / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1P8VSL7

-
非ポリマー , 5種, 584分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-9BF / 4-(1~{H}-indol-3-yl)butan-2-one / 4-(1H-インド-ル-3-イル)-2-ブタノン


分子量: 187.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.77 % / Mosaicity: 0.966 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0M sodium citrate, 0.1M Imidazole pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. obs: 80126 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 1.463 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 237170
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.813.20.53472960.8790.350.641.32495.6
1.81-1.893.30.36572740.9490.2390.4371.34995.9
1.89-1.973.30.23673090.9770.1540.2831.38696.1
1.97-2.073.30.16273180.9870.1060.1941.45296.5
2.07-2.23.20.11773280.9920.0770.1411.43896.6
2.2-2.373.20.08873410.9950.0580.1061.4896.8
2.37-2.613.20.06273390.9960.0410.0751.47297
2.61-2.993.20.04174040.9980.0270.0491.53597.3
2.99-3.773.20.02773750.9990.0180.0331.48897.4
3.77-253.20.02773480.9980.0180.0331.7196.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YVK

5yvk


解像度: 1.7→23.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.73 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21083 3848 4.8 %RANDOM
Rwork0.18755 ---
obs0.18871 76132 96.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.53 Å2-0.48 Å20.19 Å2
2---0.51 Å2-0.2 Å2
3----2.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→23.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6111 0 31 571 6713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0146350
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.678579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9241.63713052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5115793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.57523.775302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.75215933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5761524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0083.1633215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0083.1623213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0894.7313975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0884.7313976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7243.5773135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.713.5773134
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.495.2224605
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.62762.81730633
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.62562.80230553
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 248 -
Rwork0.337 5504 -
obs--94.47 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る