+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6a92 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of a cyclase Filc1 from Fischerella sp. | ||||||
Components | acyclase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / prenyltransferase | ||||||
Function / homology | metal ion binding / 12-epi-hapalindole U synthase Function and homology information | ||||||
Biological species | Fischerella (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.58 Å | ||||||
Authors | Hu, X.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
Citation | Journal: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / Year: 2018 Title: The Crystal Structure of a Class of Cyclases that Catalyze the Cope Rearrangement Authors: Chen, C.C. / Hu, X. / Tang, X. / Yang, Y. / Ko, T.P. / Gao, J. / Zheng, Y. / Huang, J.W. / Yu, Z. / Li, L. / Han, S. / Cai, N. / Zhang, Y. / Liu, W. / Guo, R.T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6a92.cif.gz | 355.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6a92.ent.gz | 288.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6a92.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6a92_validation.pdf.gz | 480.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6a92_full_validation.pdf.gz | 486.4 KB | Display | |
Data in XML | 6a92_validation.xml.gz | 38.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6a92_validation.cif.gz | 57.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a92 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5yvkSC 5yvlC 5yvpC 5z53C 5z54C 5zfjC 6a8xC 6a98C 6a99C 6a9fC 6aduC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 24705.799 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fischerella (bacteria) / Plasmid: pET-28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A1P8VSI6 #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PG4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.55 % / Mosaicity: 0.349 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 1.0 M sodium citrate, 0.1 M Imidazole pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL15A1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jan 2, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.57→25 Å / Num. obs: 114161 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.947 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 1438922 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5YVK Resolution: 1.58→24.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 3.44 / SU ML: 0.054 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.073 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.36 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.58→24.68 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|