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- PDB-6a8z: Crystal structure of M1 zinc metallopeptidase from Deinococcus ra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a8z
タイトルCrystal structure of M1 zinc metallopeptidase from Deinococcus radiodurans
要素Zinc metalloprotease, putative
キーワードHYDROLASE / Metalloprotease / peptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase, leukotriene A4 hydrolase-like / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TYROSINE / Aminopeptidase N
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.045 Å
データ登録者Agrawal, R. / Kumar, A. / Makde, R.D.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Two-domain aminopeptidase of M1 family: Structural features for substrate binding and gating in absence of C-terminal domain.
著者: Agrawal, R. / Goyal, V.D. / Kumar, A. / Gaur, N.K. / Jamdar, S.N. / Kumar, A. / Makde, R.D.
履歴
登録2018年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc metalloprotease, putative
B: Zinc metalloprotease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7518
ポリマ－103,2122
非ポリマー5396
水6,161342
1
A: Zinc metalloprotease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8754
ポリマ－51,6061
非ポリマー2703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16840 Å2
手法PISA
2
B: Zinc metalloprotease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8754
ポリマ－51,6061
非ポリマー2703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.371, 57.583, 69.579
Angle α, β, γ (deg.)89.74, 82.30, 67.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Zinc metalloprotease, putative


分子量: 51605.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_0875 / プラスミド: pST50TR / 詳細 (発現宿主): pET3a based / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9RVZ5
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3 / 詳細: Tyrosine as ligand / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.85 % / 解説: plate like crystal
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.23M Ammonium formate, 27% PEG3350
PH範囲: 5.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.979476 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年9月1日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979476 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.045→45.3 Å / Num. obs: 45670 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 13.249 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 3200 / CC1/2: 0.843 / Rpim(I) all: 0.267 / Rrim(I) all: 0.467 / % possible all: 88.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
MR-Rosetta位相決定
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H19

1h19


解像度: 2.045→30.251 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2201 2243 4.91 %
Rwork0.175 --
obs0.1772 45644 97.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.045→30.251 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6639 0 30 342 7011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9059392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.7394813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0454-2.08990.26721150.24212392X-RAY DIFFRACTION86
2.0899-2.13850.29381320.20562715X-RAY DIFFRACTION97
2.1385-2.19190.23511490.20752686X-RAY DIFFRACTION97
2.1919-2.25120.23951600.19642697X-RAY DIFFRACTION97
2.2512-2.31740.27681450.18892717X-RAY DIFFRACTION97
2.3174-2.39220.26931330.19392730X-RAY DIFFRACTION97
2.3922-2.47760.23411230.18752719X-RAY DIFFRACTION97
2.4776-2.57680.27171500.18782731X-RAY DIFFRACTION98
2.5768-2.6940.24131480.19482721X-RAY DIFFRACTION98
2.694-2.83590.26581420.19662715X-RAY DIFFRACTION98
2.8359-3.01340.23461210.2022779X-RAY DIFFRACTION98
3.0134-3.24590.27071280.19622771X-RAY DIFFRACTION99
3.2459-3.5720.2091430.17532738X-RAY DIFFRACTION99
3.572-4.08780.18091390.14932800X-RAY DIFFRACTION99
4.0878-5.14610.16921520.12542748X-RAY DIFFRACTION99
5.1461-30.25430.15561630.13912742X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3065-0.09660.08851.1413-0.07790.22640.0191-0.01520.0447-0.0633-0.00880.0135-0.0157-0.0169-0.01380.159-0.01240.00770.1648-0.01130.1457-49.1216-52.260523.4193
20.63820.0362-0.09411.35830.20020.69860.04870.0407-0.06030.0031-0.0469-0.08040.00110.0419-0.0050.1828-0.0174-0.02560.17350.01150.127-33.8465-29.1887-12.3933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 36:471)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 36:468)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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