PDB-6a8v: PhoQ sensor domain (D179R mutant): analysis of internal cavity

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a8v

タイトル

PhoQ sensor domain (D179R mutant): analysis of internal cavity

要素

Sensor protein PhoQ

キーワード

SIGNALING PROTEIN / sensor

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to magnesium starvation / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / kinase activity / signal transduction / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

Model details

Sensor protein PhoQ

データ登録者

Yoshitani, K. / Ishii, E. / Taniguchi, K. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Mori, H. / Akiyama, Y. / Kato, A. / Utsumi, R. / Eguchi, Y.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Biosci. Biotechnol. Biochem. / 年: 2019
タイトル: Identification of an internal cavity in the PhoQ sensor domain for PhoQ activity and SafA-mediated control.
著者: Yoshitani, K. / Ishii, E. / Taniguchi, K. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Akiyama, Y. / Kato, A. / Utsumi, R. / Eguchi, Y.

履歴

登録	2018年7月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a8v.cif.gz	130.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a8v.ent.gz	102.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/6a8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/6a8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a8uC 3bq8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jhv-3 2bm3-d 5v6e-5 2jht-2 1kmt-1 2jhu-2 3bqa-1 6a8u-1 6s3y-5 5v6e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sensor protein PhoQ

B: Sensor protein PhoQ

34.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sensor protein PhoQ

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sensor protein PhoQ

登録者が定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.035, 63.119, 108.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sensor protein PhoQ / Sensor histidine protein kinase/phosphatase PhoQ 分子量: 17226.420 Da / 分子数: 2 / 断片: sensor domain / 変異: D179R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: phoQ, b1129, JW1115 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P23837, histidine kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Sensor protein PhoQ / Sensor histidine protein kinase/phosphatase PhoQ

分子量: 17226.420 Da / 分子数: 2 / 断片: sensor domain / 変異: D179R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: phoQ, b1129, JW1115 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P23837, histidine kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.2 詳細: 26% (w/v) PEG 3350, 0.2M ammonium tartrate, 0.1M CHES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月11日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 9523 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 38.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.129 / Χ²: 0.87 / Net I/σ(I): 5.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	4.6	0.426	403	0.863	0.206	0.476	0.594	82.6
2.75-2.8	4.8	0.397	412	0.876	0.188	0.442	0.648	89.6
2.8-2.85	5	0.376	438	0.884	0.177	0.418	0.702	89.2
2.85-2.91	5.1	0.335	445	0.926	0.154	0.371	0.649	92.3
2.91-2.97	5.4	0.342	449	0.921	0.154	0.376	0.737	94.3
2.97-3.04	5.6	0.306	468	0.934	0.138	0.337	0.696	96.9
3.04-3.12	5.6	0.257	476	0.958	0.117	0.283	0.761	98.6
3.12-3.2	5.6	0.221	469	0.969	0.099	0.243	0.857	98.3
3.2-3.3	5.3	0.203	481	0.968	0.094	0.225	0.86	97
3.3-3.4	5.5	0.192	471	0.97	0.085	0.211	0.912	98.9
3.4-3.52	6.6	0.19	498	0.979	0.079	0.207	1.204	100
3.52-3.66	6.8	0.165	476	0.988	0.069	0.179	1.051	100
3.66-3.83	6.7	0.154	495	0.991	0.063	0.167	1.114	100
3.83-4.03	6.7	0.141	489	0.99	0.058	0.153	1.246	99.6
4.03-4.29	6.7	0.12	487	0.991	0.048	0.129	1.075	99.4
4.29-4.62	6.3	0.098	495	0.991	0.042	0.107	0.983	99.6
4.62-5.08	5.5	0.093	489	0.992	0.042	0.102	0.935	97
5.08-5.81	6.9	0.096	503	0.989	0.039	0.104	0.819	100
5.81-7.32	6.6	0.083	527	0.993	0.034	0.09	0.703	100
7.32-50	5.9	0.046	552	0.998	0.021	0.051	0.414	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BQ8

3bq8

解像度: 2.7→44.676 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.23

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2697	431	5.11 %	RANDOM
R_work	0.2042	-	-	-
obs	0.2074	8437	86.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.46 Å² / B_iso mean: 42.5302 Å² / B_iso min: 3.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→44.676 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2257	0	0	29	2286
B_iso mean	-	-	-	19.74	-
残基数	-	-	-	-	278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2368
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.929	3231
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	368
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	415
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.254	1458

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7001-2.823	0.4552	44	0.2836	638	682	58
2.823-2.9718	0.2894	35	0.2514	779	814	68
2.9718-3.1579	0.3136	51	0.243	908	959	80
3.1579-3.4017	0.2901	49	0.2232	1027	1076	90
3.4017-3.7438	0.2995	58	0.204	1139	1197	99
3.7438-4.2852	0.2447	61	0.1851	1137	1198	99
4.2852-5.3974	0.2232	62	0.1724	1157	1219	98
5.3974-44.682	0.2493	71	0.2013	1221	1292	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8655	-0.2796	-1.019	0.9504	0.2103	1.2146	0.2396	0.358	0.5853	0.321	0.058	-0.1473	-0.5807	-0.1383	-0.0676	0.2883	0.0539	0.0091	0.2424	0.0825	0.3857	68.9984	46.8448	10.7207
2	2.6364	-0.3703	-1.1896	1.1206	-0.8604	1.5297	0.2967	-0.1008	-0.1798	0.2461	0.3205	-0.6835	0.1048	0.351	0.9909	0.5141	0.0285	-0.2952	0.6584	-0.2843	0.6467	82.2227	44.2279	22.5429
3	1.596	0.1501	-0.3326	0.2151	0.5171	1.5116	-0.1198	-0.2858	0.2219	0.2496	0.0803	-0.19	0.5487	0.185	0.0446	0.3129	0.0698	-0.001	0.3397	-0.018	0.2518	65.7684	38.3369	22.9117
4	0.8154	0.2605	-0.9899	0.098	-0.3708	1.401	0.1693	-0.5023	0.8654	0.0421	0.1281	0.1004	-0.899	0.4283	-0.2928	0.6718	0.0126	0.2611	0.4724	-0.011	0.6575	52.9821	54.2769	30.9582
5	0.7094	-0.226	-0.2474	1.2546	0.4835	1.7603	0.2742	0.0079	0.1972	-0.016	0.1427	-0.1298	-0.1056	0.1482	-0.2653	0.1884	0.0819	-0.0261	0.2104	-0.0216	0.2783	67.6369	40.6177	17.7195
6	3.4542	1.5018	3.2127	1.0372	1.7292	3.2762	0.1637	0.4118	0.5286	-0.5307	-0.0174	0.3298	-0.6095	0.0034	0.0659	0.5008	0.096	0.0702	0.2188	0.1188	0.6202	55.549	51.8381	19.7785
7	5.341	-0.8093	0.6862	1.4717	2.0123	3.4214	0.464	-0.3369	-0.0805	0.0185	0.2352	-0.3587	-0.2365	0.2764	-0.604	0.3315	-0.0439	0.0301	0.3518	-0.1201	0.2985	51.9811	72.721	15.965
8	0.0871	0.2179	0.1801	0.5487	0.4588	0.5058	0.2614	0.0842	0.4858	-0.3893	-0.1325	-0.0855	-0.6374	-0.2594	-0.2958	1.0758	0.1911	0.4461	0.3607	0.0576	0.6466	45.2871	88.2597	3.9884
9	0.6629	-1.5759	-0.048	4.4186	0.6851	0.4933	0.086	-0.0072	0.2869	-0.0128	0.1928	-0.405	-0.3176	0.0536	0.0895	0.5178	-0.1207	0.3353	0.5949	-0.0248	0.351	56.9385	77.2663	5.7413
10	0.359	0.0456	0.402	1.3071	0.2355	0.9481	0.0848	-0.1653	0.3299	-0.1454	0.2284	0.0155	-0.5428	-0.5042	0.0633	0.5999	0.2187	0.0861	0.3173	0.06	0.2491	43.5209	74.5911	2.8328
11	1.3063	0.5251	-0.2114	0.5532	0.1747	1.4689	0.0715	-0.2551	-0.2379	0.0412	-0.1328	0.0253	-0.0895	-0.4094	0.108	0.2652	-0.004	0.0177	0.2784	-0.0143	0.2159	43.0417	63.3565	5.1981
12	1.2021	0.3424	0.0077	1.9394	0.8905	1.5401	-0.0829	-0.1374	-0.4544	0.3548	0.4373	-0.4152	0.311	0.667	-0.3074	0.2965	0.0491	-0.0956	0.3422	-0.0064	0.3991	53.6239	57.3529	0.9898
13	0.9858	-0.2893	-0.3522	1.5022	0.3231	0.3914	0.0654	-0.1754	0.2684	0.1335	-0.0858	0.2601	-0.4054	-0.3102	-0.8535	0.4022	0.2645	0.1533	0.4248	-0.0515	0.1997	43.9245	79.5469	11.8562
14	1.0147	0.3756	-0.8768	2.2224	-0.6673	0.8148	-0.0214	-0.5185	-0.4151	0.4682	0.0569	-0.324	0.2048	0.2826	0.012	0.2539	0.134	-0.1038	0.4536	0.2199	0.4257	56.6658	57.6346	7.2467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 43 through 62 )	A	43 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 83 )	A	63 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 132 )	A	84 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 133 through 149 )	A	133 - 149
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 150 through 179 )	A	150 - 179
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 180 through 187 )	A	180 - 187
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 45 through 61 )	B	45 - 61
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 62 through 71 )	B	62 - 71
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 72 through 83 )	B	72 - 83
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 84 through 102 )	B	84 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 103 through 132 )	B	103 - 132
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 133 through 164 )	B	133 - 164
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 165 through 179 )	B	165 - 179
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 180 through 187 )	B	180 - 187

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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