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万見
- PDB-6a8s: Crystal Structure of the putative amino acid-binding periplasmic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a8s
タイトルCrystal Structure of the putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein from Candidatus Liberibacter asiaticus in complex with Cysteine
要素Putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Candidatus Liberibacter asiaticus / Periplasmic / Solute Binding / Cysteine
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CYSTEINE / Putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein
類似検索 - 構成要素
生物種Liberibacter asiaticus
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kumar, P. / Kesari, P. / Ghosh, D.K. / Kumar, P. / Sharma, A.K.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of a putative periplasmic cystine-binding protein from Candidatus Liberibacter asiaticus: insights into an adapted mechanism of ligand binding.
著者: Kumar, P. / Kesari, P. / Kokane, S. / Ghosh, D.K. / Kumar, P. / Sharma, A.K.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein
B: Putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,61135
ポリマ－55,2312
非ポリマー2,37933
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.791, 87.049, 122.164
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein


分子量: 27615.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Liberibacter asiaticus (strain psy62) (バクテリア)
株: psy62 / 遺伝子: CLIBASIA_05070 / プラスミド: pET28C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6XGT2

-
非ポリマー , 7種, 208分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2M Ammonium sulphate, 0.1M Sodium acetate Trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→70.89 Å / Num. obs: 31433 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3028 / CC1/2: 0.702 / Rpim(I) all: 0.452 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSversion June1, 2017データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
MoRDa22(2018-05-05)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YLN

2yln


解像度: 2.05→36.885 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2583 1503 4.79 %RANDOM
Rwork0.1971 ---
obs0.2001 31364 99.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→36.885 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3760 0 149 175 4084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8865489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7723354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005711
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.11620.36561490.28822662X-RAY DIFFRACTION100
2.1162-2.19180.36011450.25012646X-RAY DIFFRACTION100
2.1918-2.27950.29031280.24012690X-RAY DIFFRACTION100
2.2795-2.38330.27911400.23082652X-RAY DIFFRACTION100
2.3833-2.50890.33151300.23352698X-RAY DIFFRACTION100
2.5089-2.6660.27681370.22222690X-RAY DIFFRACTION100
2.666-2.87180.30221250.22332705X-RAY DIFFRACTION100
2.8718-3.16070.31371220.20032722X-RAY DIFFRACTION100
3.1607-3.61770.19421360.17662745X-RAY DIFFRACTION100
3.6177-4.55660.22911490.15092755X-RAY DIFFRACTION100
4.5566-36.89090.22611420.18692896X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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