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- PDB-6a7p: Human serum albumin complexed with aripiprazole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a7p
タイトルHuman serum albumin complexed with aripiprazole
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / cellular response to starvation / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9SC / : / PHOSPHATE ION / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Kawai, A. / Yamasaki, K. / Otagiri, M.
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2018
タイトル: Analysis of the Binding of Aripiprazole to Human Serum Albumin: The Importance of a Chloro-Group in the Chemical Structure.
著者: Sakurama, K. / Kawai, A. / Tuan Giam Chuang, V. / Kanamori, Y. / Osa, M. / Taguchi, K. / Seo, H. / Maruyama, T. / Imoto, S. / Yamasaki, K. / Otagiri, M.
履歴
登録2018年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,4078
ポリマ－133,1422
非ポリマー1,2646
水6,738374
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1544
ポリマ－66,5711
非ポリマー5823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area27430 Å2
手法PISA
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2534
ポリマ－66,5711
非ポリマー6823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area26580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.201, 184.931, 59.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: P02768

-
非ポリマー , 5種, 380分子

#2: 化合物 ChemComp-9SC / 7-[4-[4-[2,3-bis(chloranyl)phenyl]piperazin-1-yl]butoxy]-3,4-dihydro-1H-quinolin-2-one / Aripiprazole


分子量: 448.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27Cl2N3O2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 32% PEG 3350, 50mM potassium phosphate buffer pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.48
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 54292 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.28→2.42 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 8793 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5yoq

5yoq


解像度: 2.28→48.383 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 42.61 / 位相誤差: 27.5 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2548 2670 4.92 %
Rwork0.2066 --
obs0.2109 54291 97.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→48.383 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8466 0 80 374 8920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42411869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.8065454
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031541
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2791-2.32050.35181410.27332652X-RAY DIFFRACTION94
2.3205-2.36510.3021600.2642843X-RAY DIFFRACTION95
2.3651-2.41340.28341460.262681X-RAY DIFFRACTION95
2.4134-2.46580.3011690.25732807X-RAY DIFFRACTION94
2.4658-2.52320.25871190.26242745X-RAY DIFFRACTION96
2.5232-2.58620.31181420.25322814X-RAY DIFFRACTION95
2.5862-2.65610.25751280.25442746X-RAY DIFFRACTION96
2.6561-2.73420.32481520.24132776X-RAY DIFFRACTION95
2.7342-2.82240.34551510.24492800X-RAY DIFFRACTION95
2.8224-2.92320.25381520.24322712X-RAY DIFFRACTION95
2.9232-3.04020.28491450.23232774X-RAY DIFFRACTION95
3.0402-3.17840.25171240.23392792X-RAY DIFFRACTION96
3.1784-3.34580.31251370.23142791X-RAY DIFFRACTION95
3.3458-3.55510.24991360.21122771X-RAY DIFFRACTION95
3.5551-3.82910.26141030.20812169X-RAY DIFFRACTION74
3.8291-4.21360.25571250.17632357X-RAY DIFFRACTION80
4.2136-4.82130.21321590.15472747X-RAY DIFFRACTION95
4.8213-6.06660.21981520.18872788X-RAY DIFFRACTION95
6.0666-30.68060.20671260.16942833X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.22220.75722.98882.835-1.66716.90820.3238-0.1398-0.08090.36190.03820.41990.49540.0878-0.31590.40520.0330.1220.3651-0.03310.23463.9246-31.596227.7269
23.3435-1.47963.30542.6463-3.48095.67330.02720.05060.0482-0.0132-0.049-0.0570.5612-0.0067-0.14260.46230.02340.08550.4909-0.09550.24860.2052-37.210418.0599
31.4708-0.7453-0.40941.47710.96340.9496-0.04080.06090.0720.16640.01180.0550.09530.08340.04370.30070.03550.04220.37280.03350.215812.5426-21.661915.434
42.0885-0.22060.02350.4828-0.22122.3794-0.06660.1712-0.0243-0.10070.0132-0.11240.00830.35850.04860.2935-0.04660.0530.3857-0.01690.290729.4322-24.9277-2.4851
54.2429-0.59211.50313.8726-0.642.2476-0.06330.1556-0.0103-0.08250.04720.0602-0.0533-0.0688-0.01670.2545-0.0140.0630.34220.01970.13673.9317-21.5259-8.5618
61.0665-0.3009-0.12710.75130.64571.0434-0.044-0.41770.1298-0.02150.1914-0.0427-0.601-0.02440.07941.04150.0806-0.27430.70090.12590.476-12.0912-5.9376-14.5778
74.2875-2.45121.18982.1695-1.6176.7029-0.1986-0.08630.54820.1111-0.00910.2288-0.1883-0.42250.22380.1686-0.03430.02430.33910.01650.4706-12.53136.60993.3652
80.46560.0899-0.27050.82010.18320.4851-0.0320.03160.0198-0.0070.04660.03330.06480.0951-0.03670.21140.0072-0.01010.36050.04170.3475-0.12422.19160.0701
91.6371-0.4728-0.19080.7073-0.38771.59340.08340.1393-0.0020.02210.0289-0.1757-0.12920.1735-0.12430.2347-0.03890.04470.5102-0.06880.324822.120325.3928-12.644
102.921-0.13830.66466.27481.76522.6374-0.1729-0.04490.10380.04830.20530.0635-0.1220.2351-0.04010.1305-0.0490.0150.39890.02880.284121.697725.23248.229
112.78291.67890.49041.01590.19271.01990.055-0.2931-0.47310.3465-0.1492-0.21490.19290.06820.12950.44560.0498-0.03720.45620.03960.468219.020211.410728.1138
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 55 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 119 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 120 through 266 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 267 through 414 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 415 through 535 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 536 through 573 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 104 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 105 through 266 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 267 through 414 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 415 through 499 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 500 through 568 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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