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万見
- PDB-6a7e: Human dihydrofolate reductase complexed with NADPH and BT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a7e
タイトルHuman dihydrofolate reductase complexed with NADPH and BT2
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / DHFR / antifolate / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / sequence-specific mRNA binding / response to methotrexate / axon regeneration / folic acid binding / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate metabolic process ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / sequence-specific mRNA binding / response to methotrexate / axon regeneration / folic acid binding / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / tetrahydrofolate biosynthetic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / one-carbon metabolic process / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9QR / Chem-NDP / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Vanichtanankul, J. / Tarnchompoo, B. / Chitnumsub, P. / Kamchonwongpaisan, S. / Yuthavong, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation52992 米国
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2018
タイトル: Hybrid Inhibitors of Malarial Dihydrofolate Reductase with Dual Binding Modes That Can Forestall Resistance.
著者: Tarnchompoo, B. / Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Shaw, P.J. / Vanichtanankul, J. / Poen, S. / Rattanajak, R. / Wongsombat, C. / Tonsomboon, A. / Decharuangsilp, S. / Anukunwithaya, T. / ...著者: Tarnchompoo, B. / Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Shaw, P.J. / Vanichtanankul, J. / Poen, S. / Rattanajak, R. / Wongsombat, C. / Tonsomboon, A. / Decharuangsilp, S. / Anukunwithaya, T. / Arwon, U. / Kamchonwongpaisan, S. / Yuthavong, Y.
履歴
登録2018年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5193
ポリマ－21,3501
非ポリマー1,1702
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.755, 84.755, 77.726
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 21349.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHFR / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-9QR / 5-(4-{3-[(2,4-diamino-6-ethylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}phenyl)-6-ethylpyrimidine-2,4-diamine


分子量: 424.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.78 M AMMONIUM SULPHATE, 100 mM K2HPO4, 3%(V/V) ETHANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 17677 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.058 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.922.50.25817921.091199.7
1.92-1.992.50.19217441.106199.9
1.99-2.082.50.13317881.082199.9
2.08-2.192.50.117751.0981100
2.19-2.332.50.0817661.063199.8
2.33-2.512.60.06617901.02199.9
2.51-2.762.60.05317821.042199.9
2.76-3.162.60.04217741.006199.8
3.16-3.992.60.03217771.017199.4
3.99-502.60.02916891.068195

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DDR

4ddr


解像度: 1.85→42.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 2.978 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.144
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2375 882 5 %RANDOM
Rwork0.1897 ---
obs0.1919 16795 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.21 Å2 / Biso mean: 22.622 Å2 / Biso min: 9.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20.09 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→42.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1502 0 79 161 1742
Biso mean--17.88 28.11 -
残基数----186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.021622
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5332.0382200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg13.0183557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0795185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56724.78971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59215286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.928158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02359
LS精密化 シェル解像度: 1.849→1.897 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 54 -
Rwork0.265 1238 -
all-1292 -
obs--99.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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