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- PDB-6a78: Crystal structure of the fifth immunoglobulin domain (Ig5) of hum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a78
タイトルCrystal structure of the fifth immunoglobulin domain (Ig5) of human Robo1 in complex with the scFv fragment of murine monoclonal antibody B5209B
要素
  • Heavy chain and linker region of the anti-human Robo1 antibody B5209B scFv
  • Light chain region of the anti-human Robo1 antibody B5209B scFv
  • Roundabout homolog 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / hepatocellular carcinoma antigen / angiogenesis / antibody drug / single chain Fv fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


chemorepulsion involved in postnatal olfactory bulb interneuron migration / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / LRR domain binding / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / heart induction / axon guidance receptor activity / Netrin-1 signaling / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO ...chemorepulsion involved in postnatal olfactory bulb interneuron migration / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / LRR domain binding / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / heart induction / axon guidance receptor activity / Netrin-1 signaling / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / Inactivation of CDC42 and RAC1 / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / Roundabout signaling pathway / endocardial cushion formation / Signaling by ROBO receptors / pulmonary valve morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of axonogenesis / Activation of RAC1 / cell migration involved in sprouting angiogenesis / aortic valve morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / axon midline choice point recognition / aorta development / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of Rho protein signal transduction / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / negative regulation of cell migration / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / nervous system development / cell adhesion / positive regulation of MAPK cascade / cilium / axon / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Roundabout homologue 1 / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type ...Roundabout homologue 1 / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Roundabout homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mizohata, E. / Nakayama, T. / Kado, Y. / Inoue, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
FIRST Program (MDADD) 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Affinity Improvement of a Cancer-Targeted Antibody through Alanine-Induced Adjustment of Antigen-Antibody Interface.
著者: Yamashita, T. / Mizohata, E. / Nagatoishi, S. / Watanabe, T. / Nakakido, M. / Iwanari, H. / Mochizuki, Y. / Nakayama, T. / Kado, Y. / Yokota, Y. / Matsumura, H. / Kawamura, T. / Kodama, T. / ...著者: Yamashita, T. / Mizohata, E. / Nagatoishi, S. / Watanabe, T. / Nakakido, M. / Iwanari, H. / Mochizuki, Y. / Nakayama, T. / Kado, Y. / Yokota, Y. / Matsumura, H. / Kawamura, T. / Kodama, T. / Hamakubo, T. / Inoue, T. / Fujitani, H. / Tsumoto, K.
履歴
登録2018年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roundabout homolog 1
L: Light chain region of the anti-human Robo1 antibody B5209B scFv
H: Heavy chain and linker region of the anti-human Robo1 antibody B5209B scFv
B: Roundabout homolog 1
M: Light chain region of the anti-human Robo1 antibody B5209B scFv
I: Heavy chain and linker region of the anti-human Robo1 antibody B5209B scFv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4938
ポリマ－72,3016
非ポリマー1922
水5,819323
1
A: Roundabout homolog 1
L: Light chain region of the anti-human Robo1 antibody B5209B scFv
H: Heavy chain and linker region of the anti-human Robo1 antibody B5209B scFv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2464
ポリマ－36,1503
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14220 Å2
手法PISA
2
B: Roundabout homolog 1
M: Light chain region of the anti-human Robo1 antibody B5209B scFv
I: Heavy chain and linker region of the anti-human Robo1 antibody B5209B scFv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2464
ポリマ－36,1503
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area14390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.690, 149.943, 66.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-311-

HOH

21M-318-

HOH

31M-326-

HOH

41M-356-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Roundabout homolog 1 / Deleted in U twenty twenty / H-Robo-1


分子量: 9776.106 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROBO1, DUTT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6N7
#2: 抗体 Light chain region of the anti-human Robo1 antibody B5209B scFv


分子量: 11999.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Heavy chain and linker region of the anti-human Robo1 antibody B5209B scFv


分子量: 14374.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 85mM Tris-HCl (pH 8.5), 27.5% (w/v) PEG 4000, 170mM lithium sulfate monohydrate, 670mM sodium thiocyanate, 15% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 39986 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 7.612 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.23 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28476 1979 5 %RANDOM
Rwork0.2388 ---
obs0.24104 37871 95.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.513 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å20 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3---1.45 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4869 0 10 323 5202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.025047
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8341.9596864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0573.00110685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.935.015652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06323.713202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.88715825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1111532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021027
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0952.542580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0892.5392579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3063.7933221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3063.7953222
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.692.7812467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6912.7722459
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2354.053626
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.91147.8520469
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.86847.83120356
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 157 -
Rwork0.374 2722 -
obs--94.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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