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- PDB-6a6m: Crystal structure of an outward-open nucleotide-bound state of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a6m
タイトルCrystal structure of an outward-open nucleotide-bound state of the eukaryotic ABC multidrug transporter CmABCB1
要素ATP-binding cassette, sub-family B, member 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN ALPHA-HELICAL
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide export from mitochondrion / ABC-type oligopeptide transporter activity / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / NITRATE ION / Probable ATP-dependent transporter ycf16
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanidioschyzon merolae strain 10D (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kato, H. / Nakatsu, T. / Kodan, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Inward- and outward-facing X-ray crystal structures of homodimeric P-glycoprotein CmABCB1.
著者: Kodan, A. / Yamaguchi, T. / Nakatsu, T. / Matsuoka, K. / Kimura, Y. / Ueda, K. / Kato, H.
履歴
登録2018年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-binding cassette, sub-family B, member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0877
ポリマ－66,0471
非ポリマー2,0406
水7,837435
1
A: ATP-binding cassette, sub-family B, member 1
ヘテロ分子

A: ATP-binding cassette, sub-family B, member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,17414
ポリマ－132,0932
非ポリマー4,08012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation22_564z+1/4,-y+5/4,x-1/41
Buried area21850 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area46640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.340, 174.340, 174.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1091-

HOH

21A-1185-

HOH

31A-1228-

HOH

41A-1244-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 A

#1: タンパク質 ATP-binding cassette, sub-family B, member 1


分子量: 66046.609 Da / 分子数: 1 / 変異: Q147A, T381A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae strain 10D (真核生物)
株: 10D / 遺伝子: CYME_CMD148C / 詳細 (発現宿主): pABC3 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): AD1-8u- / 参照: UniProt: M1VAN7
#4: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 4種, 438分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 21% PEG 2000 MME, 50 mM potassium nitrate and 50 mM magnesium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月9日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→43.62 Å / Num. obs: 72007 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 21.1 % / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→43.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.925 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20764 3606 5.1 %RANDOM
Rwork0.16526 ---
obs0.16747 67507 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→43.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4488 0 103 435 5026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0144732
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5371.6696424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1591.65310178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7745604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.2520.726234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48115767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.641539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02907
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4446.1332380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4396.1322379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2729.1722981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.2759.1742982
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2996.3172350
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3016.3222348
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6589.3813436
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.48773.4785703
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.54373.6055579
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.30739092
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.1985215
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded20.02259222
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 258 -
Rwork0.289 4685 -
obs--95.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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