PDB-6a66: Placental protein 13/galectin-13 variant R53H with Tris

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a66

タイトル

Placental protein 13/galectin-13 variant R53H with Tris

要素

Galactoside-binding soluble lectin 13

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylcholine lysophospholipase activity / phospholipid metabolic process / nuclear matrix / carbohydrate binding / nuclear body / apoptotic process / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Su, J.Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biosci. Rep. / 年: 2018
タイトル: Resetting the ligand binding site of placental protein 13/galectin-13 recovers its ability to bind lactose
著者: Su, J. / Cui, L. / Si, Y. / Song, C. / Li, Y. / Yang, T. / Wang, H. / Mayo, K.H. / Tai, G. / Zhou, Y.

履歴

登録	2018年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a66.cif.gz	68.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a66.ent.gz	49.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/6a66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/6a66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a62C 6a63C 6a64C 6a65C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xg8-1 5y03-1 6a64-1 6a63-1 4kl6-1 4qvx-d 1t2w-4 4c8f-2 6a62-1 6h4g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galactoside-binding soluble lectin 13

ヘテロ分子

16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galactoside-binding soluble lectin 13

ヘテロ分子

A: Galactoside-binding soluble lectin 13

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.231, 92.060, 50.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-381- HOH
2	1	A-394- HOH

#1: タンパク質	Galactoside-binding soluble lectin 13 / Galectin-13 / Gal-13 分子量: 16398.750 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-139 / 変異: R53H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHV8
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→19.115 Å / Num. obs: 27115 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (1.10.1_2155: ???) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→19.115 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1949	2011	7.43 %
R_work	0.184	-	-
obs	0.1848	27074	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.95 Å² / B_iso mean: 31.6709 Å² / B_iso min: 17.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→19.115 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1123	0	19	112	1254
B_iso mean	-	-	38.81	38.81	-
残基数	-	-	-	-	138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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