PDB-6a62: Placental protein 13/galectin-13 variant R53HH57RD33G with Lactose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a62

タイトル

Placental protein 13/galectin-13 variant R53HH57RD33G with Lactose

要素

Galactoside-binding soluble lectin 13

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

lysophospholipase activity / phospholipid metabolic process / nuclear matrix / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / nuclear body / apoptotic process / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Su, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biosci. Rep. / 年: 2018
タイトル: Resetting the ligand binding site of placental protein 13/galectin-13 recovers its ability to bind lactose
著者: Su, J. / Cui, L. / Si, Y. / Song, C. / Li, Y. / Yang, T. / Wang, H. / Mayo, K.H. / Tai, G. / Zhou, Y.

履歴

登録	2018年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a62.cif.gz	41 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a62.ent.gz	29.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6a62_validation.pdf.gz	768 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6a62_full_validation.pdf.gz	768.3 KB	表示
XML形式データ	6a62_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	6a62_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/6a62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/6a62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a63C 6a64C 6a65C 6a66C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a63-1 6a64-1 7cuy-d 1qxh-d 5xg8-1 5y03-1 2vsw-d 6a66-1 6qa0-d 1qg5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1) #124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Galactoside-binding soluble lectin 13

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galactoside-binding soluble lectin 13

ヘテロ分子

A: Galactoside-binding soluble lectin 13

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.361, 92.659, 50.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-366- HOH

#1: タンパク質

Galactoside-binding soluble lectin 13 / Galectin-13 / Gal-13 / Placental tissue protein 13 / Placental protein 13

分子量: 15946.289 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-139 / 変異: R53H, H57R, D33G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS13, PLAC8 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHV8

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→18.92 Å / Num. obs: 8973 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 26.3
反射シェル	解像度: 2.03→2.09 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.03→18.918 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2146	888	9.91 %
R_work	0.1636	-	-
obs	0.1686	8961	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.93 Å² / B_iso mean: 33.0341 Å² / B_iso min: 19.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.03→18.918 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1116	0	23	68	1207
B_iso mean	-	-	38.63	36.64	-
残基数	-	-	-	-	138

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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