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万見
- PDB-6a5g: The structure of [4+2] and [6+4] cyclase in the biosynthetic path... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a5g
タイトルThe structure of [4+2] and [6+4] cyclase in the biosynthetic pathway of streptoseomycin
要素[4+2] and [4+6] cyclase StmD
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / [4+2] and [4+6] cyclase / Streptoseomycin / biosynthesis (生合成)
生物種Streptomyces seoulensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, B. / Ge, H.M.
資金援助 中国, 8件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21572100 中国
National Natural Science Foundation of China81522042 中国
National Natural Science Foundation of China81773591 中国
National Natural Science Foundation of China81421091 中国
National Natural Science Foundation of China81500059 中国
National Natural Science Foundation of China81673333 中国
National Natural Science Foundation of China21672101 中国
National Natural Science Foundation of China21661140001 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Enzyme-catalysed [6+4] cycloadditions in the biosynthesis of natural products.
著者: Zhang, B. / Wang, K.B. / Wang, W. / Wang, X. / Liu, F. / Zhu, J. / Shi, J. / Li, L.Y. / Han, H. / Xu, K. / Qiao, H.Y. / Zhang, X. / Jiao, R.H. / Houk, K.N. / Liang, Y. / Tan, R.X. / Ge, H.M.
履歴
登録2018年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [4+2] and [4+6] cyclase StmD
C: [4+2] and [4+6] cyclase StmD
D: [4+2] and [4+6] cyclase StmD
B: [4+2] and [4+6] cyclase StmD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6484
ポリマ－72,6484
非ポリマー00
水4,522251
1
A: [4+2] and [4+6] cyclase StmD
D: [4+2] and [4+6] cyclase StmD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3242
ポリマ－36,3242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13940 Å2
手法PISA
2
C: [4+2] and [4+6] cyclase StmD
B: [4+2] and [4+6] cyclase StmD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3242
ポリマ－36,3242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.109, 85.023, 134.797
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and (resid 3 through 117 or (resid 118...
31(chain C and (resid 3 through 117 or (resid 118...
41(chain D and (resid 3 through 117 or (resid 118...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRchain AAA3 - 1523 - 152
21TRPTRP(chain B and (resid 3 through 117 or (resid 118...BD3 - 1173 - 117
22GLUGLU(chain B and (resid 3 through 117 or (resid 118...BD118118
23GLUGLU(chain B and (resid 3 through 117 or (resid 118...BD3 - 1593 - 159
24GLUGLU(chain B and (resid 3 through 117 or (resid 118...BD3 - 1593 - 159
25GLUGLU(chain B and (resid 3 through 117 or (resid 118...BD3 - 1593 - 159
26GLUGLU(chain B and (resid 3 through 117 or (resid 118...BD3 - 1593 - 159
31TRPTRP(chain C and (resid 3 through 117 or (resid 118...CB3 - 1173 - 117
32GLUGLU(chain C and (resid 3 through 117 or (resid 118...CB118118
33TYRTYR(chain C and (resid 3 through 117 or (resid 118...CB3 - 1523 - 152
41TRPTRP(chain D and (resid 3 through 117 or (resid 118...DC3 - 1173 - 117
42GLUGLU(chain D and (resid 3 through 117 or (resid 118...DC118118
43TYRTYR(chain D and (resid 3 through 117 or (resid 118...DC3 - 1523 - 152

-
要素

#1: タンパク質
[4+2] and [4+6] cyclase StmD


分子量: 18161.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces seoulensis (バクテリア)
株: A01
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 100 mM MES, pH 6.5, 200mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.604 Å / Num. obs: 24828 / % possible obs: 90.65 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Net I/σ(I): 20.93
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A5F

6a5f


解像度: 2.3→48.604 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 1989 8.01 %
Rwork0.1796 --
obs0.1849 24828 90.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.35 Å2 / Biso mean: 28.26 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→48.604 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4681 0 0 251 4932
Biso mean---29 -
残基数----607
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2777X-RAY DIFFRACTION13.688TORSIONAL
12B2777X-RAY DIFFRACTION13.688TORSIONAL
13C2777X-RAY DIFFRACTION13.688TORSIONAL
14D2777X-RAY DIFFRACTION13.688TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2999-2.35740.28621510.20291728187998
2.3574-2.42120.27751510.18461727187899
2.4212-2.49240.28231540.17821776193099
2.4924-2.57290.29281500.18821738188899
2.5729-2.66480.28511100.19111255136597
2.6648-2.77150.29291000.20361132123298
2.7715-2.89760.27461570.199117951952100
2.8976-3.05040.24891540.193317771931100
3.0504-3.24150.25231560.183417791935100
3.2415-3.49170.25171180.18471367148576
3.4917-3.84290.23691250.17761438156380
3.8429-4.39870.20561340.15271548168285
4.3987-5.54060.19981610.152118442005100
5.5406-48.61460.23361680.19011935210399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.0069 Å / Origin y: 20.5172 Å / Origin z: 37.2269 Å
111213212223313233
T0.159 Å20.0034 Å2-0.0201 Å2-0.1431 Å20.0081 Å2--0.1889 Å2
L0.4791 °20.0085 °2-0.1021 °2-0.4012 °20.2311 °2--1.0118 °2
S-0.0049 Å °-0.0016 Å °0.0655 Å °-0.007 Å °0.0045 Å °-0.0316 Å °-0.1146 Å °0.0466 Å °-0.0015 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 152
2X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 152
3X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 152
4X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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