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万見
- PDB-6a54: Crystal structure of DddK mutant Y64A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a54
タイトルCrystal structure of DddK mutant Y64A
要素Novel protein with potential Cupin domain
キーワードLYASE / DMSP lyase
機能・相同性: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / : / Novel protein with potential Cupin domain
機能・相同性情報
生物種Pelagibacter ubique (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, Y.Z. / Li, C.Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31728001 中国
National Science Foundation (China)31630012 中国
National Science Foundation (China)41706152 中国
引用ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Structure-Function Analysis Indicates that an Active-Site Water Molecule Participates in Dimethylsulfoniopropionate Cleavage by DddK.
著者: Peng, M. / Chen, X.L. / Zhang, D. / Wang, X.J. / Wang, N. / Wang, P. / Todd, J.D. / Zhang, Y.Z. / Li, C.Y.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Novel protein with potential Cupin domain
B: Novel protein with potential Cupin domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4644
ポリマ－30,3542
非ポリマー1102
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area11120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.142, 57.378, 55.377
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Novel protein with potential Cupin domain


分子量: 15177.058 Da / 分子数: 2 / 変異: Y64A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pelagibacter ubique (strain HTCC1062) (バクテリア)
株: HTCC1062 / 遺伝子: SAR11_0394 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4FNM4
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris (pH 8.5) and 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 9674 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A53

6a53


解像度: 2.3→28.689 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2942 479 5.05 %
Rwork0.2237 --
obs0.2271 9478 93.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / Bsol: 21.47 Å2 / ksol: 0.248 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.9263 Å20 Å2-6.0858 Å2
2--7.6309 Å2-0 Å2
3---11.2954 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.689 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1974 0 2 45 2021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0482762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.884726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004350
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2754-2.60440.34331920.25182972X-RAY DIFFRACTION94
2.6044-3.28060.30811580.22573132X-RAY DIFFRACTION97
3.2806-28.69130.27111290.21612895X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 42.8931 Å / Origin y: -11.9607 Å / Origin z: 11.1681 Å
111213212223313233
T0.3488 Å2-0.0079 Å20.0023 Å2-0.4054 Å2-0.0044 Å2--0.3754 Å2
L1.2729 °20.2096 °20.2322 °2-1.1974 °2-0.2364 °2--0.964 °2
S0.0521 Å °-0.3376 Å °-0.045 Å °0.0793 Å °-0.0935 Å °0.0103 Å °0.0334 Å °0.0263 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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