PDB-6a50: structure of benzoylformate decarboxylases in complex with cofact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a50

タイトル

structure of benzoylformate decarboxylases in complex with cofactor TPP

要素

benzoylformate decarboxylases

キーワード

LYASE / ThDP / Glycolaldehyde Synthase

機能・相同性

Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / THIAMINE DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Guo, Y. / Wang, S. / Nie, Y. / Li, S.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A Synthetic Pathway for Acetyl-Coenzyme A Biosynthesis
著者: Lu, X. / Liu, Y. / Yang, Y. / Wang, S. / Wang, Q. / Wang, X. / Yan, Z. / Cheng, J. / Liu, C. / Yang, X. / Luo, H. / Yang, S. / Gou, J. / Ye, L. / Lu, L. / Zhang, Z. / Guo, Y. / Nie, Y. / Lin, ...

履歴

登録	2018年6月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a50.cif.gz	428.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a50.ent.gz	345.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/6a50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/6a50	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bfdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6vgs-1 6qsi-d 3sip-d 2q5q-d 2q5o-d 3iae-d 5ejm-1 5ej8-4 2ji9-d 5ejm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: benzoylformate decarboxylases

B: benzoylformate decarboxylases

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.889, 124.392, 97.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.35, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1065- HOH
2	1	A-1181- HOH
3	1	B-1067- HOH
4	1	B-1167- HOH

#1: タンパク質	benzoylformate decarboxylases 分子量: 58663.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: benzoylformate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1001 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.43 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: liquid diffusion 詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M HEPES (pH 7.5) and 40%(w/v) polyethylene glycol (PEG) 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 98.15 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→82.59 Å / Num. obs: 97121 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 14.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 0.956 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	6.6	0.726	4778	0.826	0.301	0.787	0.965	98.7
1.83-1.86	6.7	0.694	4837	0.866	0.285	0.75	0.978	99
1.86-1.9	6.8	0.589	4835	0.906	0.241	0.637	0.966	99
1.9-1.94	6.9	0.512	4836	0.924	0.209	0.554	0.98	99.1
1.94-1.98	6.8	0.451	4828	0.934	0.185	0.488	0.993	99.3
1.98-2.03	6.5	0.384	4848	0.946	0.162	0.417	1.014	99.4
2.03-2.08	6.4	0.323	4821	0.957	0.137	0.351	1.017	99.3
2.08-2.13	7.1	0.275	4827	0.972	0.11	0.297	1.023	99.4
2.13-2.2	7.1	0.229	4898	0.979	0.092	0.247	1.037	99.5
2.2-2.27	7	0.194	4825	0.984	0.079	0.21	1.043	99.6
2.27-2.35	6.9	0.163	4825	0.988	0.067	0.176	1.036	99.6
2.35-2.44	6.6	0.145	4877	0.988	0.061	0.158	1.044	99.8
2.44-2.55	6.5	0.119	4869	0.991	0.05	0.13	1.052	99.5
2.55-2.69	7.1	0.102	4863	0.994	0.041	0.11	1.022	99.7
2.69-2.86	7.1	0.089	4847	0.995	0.036	0.096	0.999	99.5
2.86-3.08	6.9	0.071	4887	0.996	0.029	0.077	0.954	100
3.08-3.39	6.6	0.055	4902	0.997	0.023	0.06	0.91	99.5
3.39-3.88	7.2	0.045	4901	0.998	0.018	0.048	0.839	100
3.88-4.88	6.6	0.036	4870	0.998	0.015	0.039	0.706	99.4
4.88-50	6.9	0.033	4947	0.999	0.013	0.035	0.558	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BFD

1bfd

解像度: 1.8→82.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 4.821 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.102
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17706	4969	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15904	-	-	-
obs	0.15997	92088	99.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.642 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	-0 Å²	0.04 Å²
2-	-	-0.28 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→82.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7902	0	55	1001	8958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	8176
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.251	1.971	11179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.872	5	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.087	24.327	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.051	15	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.534	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.022	6334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.455	1.622	4224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.823	2.429	5280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.571	1.718	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.617	15.116	13965
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	394	-
R_work	0.213	6574	-
obs	-	-	96.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -32.439 Å / Origin y: -24.616 Å / Origin z: 17.353 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0024 Å²	0.0009 Å²	0 Å²	-	0.0176 Å²	0.0146 Å²	-	-	0.0189 Å²
L	0.0639 °²	-0.0051 °²	-0.0003 °²	-	0.0796 °²	-0.0188 °²	-	-	0.1759 °²
S	0.0012 Å °	0.0075 Å °	-0.0002 Å °	-0.0077 Å °	-0.0192 Å °	-0.0244 Å °	0.0055 Å °	0.0427 Å °	0.018 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 527
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	601 - 602

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