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- PDB-6a4u: The first crystal structure of crustacean ferritin that is a hybr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a4u
タイトルThe first crystal structure of crustacean ferritin that is a hybrid type of H and L ferritin
要素Ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ferritin / crustacean / iron / ferroxidase site / nucleation site
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Marsupenaeus japonicus (クルマエビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Masuda, T. / Mikami, B. / Zang, J. / Zhao, G.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP 15K07574 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: The first crystal structure of crustacean ferritin that is a hybrid type of H and L ferritin
著者: Masuda, T. / Zang, J. / Zhao, G. / Mikami, B.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,84175
ポリマ－116,3326
非ポリマー4,50969
水18,0331001
1
B: Ferritin
C: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

B: Ferritin
C: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

B: Ferritin
C: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

B: Ferritin
C: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
D: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
D: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
D: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
D: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)483,366300
ポリマ－465,32924
非ポリマー18,037276
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_555x+1/2,y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation7_555-y+1/2,x+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation8_555y+1/2,-x+1/2,z+1/21
Buried area147950 Å2
ΔGint-583 kcal/mol
Surface area125330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.872, 124.872, 175.683
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1181-

HOH

21B-448-

HOH

31E-420-

HOH

41F-465-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Ferritin


分子量: 19388.699 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 2-170 / 変異: Q89R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marsupenaeus japonicus (クルマエビ)
プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T2B7E1, ferroxidase

-
非ポリマー , 5種, 1070分子

#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1001 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 35% MPD, 100mM imidazole-HCl pH 8.0 and 200mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→50 Å / Num. obs: 456412 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 1.16→1.18 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Num. unique obs: 22818 / Rpim(I) all: 0.327 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ajo

3ajo


解像度: 1.16→23.59 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1566 22868 5.01 %
Rwork0.1377 --
obs0.1387 456357 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→23.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8166 0 271 1001 9438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059923
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83313538
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0627176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051806
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1598-1.17290.22127630.199914266X-RAY DIFFRACTION98
1.1729-1.18670.20727870.193214472X-RAY DIFFRACTION99
1.1867-1.20120.20197790.185114454X-RAY DIFFRACTION99
1.2012-1.21640.21557570.185114413X-RAY DIFFRACTION99
1.2164-1.23240.20077650.178214535X-RAY DIFFRACTION99
1.2324-1.24930.2187600.174514499X-RAY DIFFRACTION99
1.2493-1.26720.20247670.173114435X-RAY DIFFRACTION99
1.2672-1.28610.17937570.165214626X-RAY DIFFRACTION99
1.2861-1.30620.18188100.157214405X-RAY DIFFRACTION99
1.3062-1.32760.1817690.151614585X-RAY DIFFRACTION99
1.3276-1.35050.16597520.144314504X-RAY DIFFRACTION99
1.3505-1.3750.16627370.141214556X-RAY DIFFRACTION99
1.375-1.40150.16017860.137214615X-RAY DIFFRACTION100
1.4015-1.43010.14197490.129814539X-RAY DIFFRACTION100
1.4301-1.46120.14787780.123914546X-RAY DIFFRACTION100
1.4612-1.49510.1437510.117214519X-RAY DIFFRACTION99
1.4951-1.53250.13927670.11214519X-RAY DIFFRACTION99
1.5325-1.5740.12787590.110414560X-RAY DIFFRACTION99
1.574-1.62030.12737700.106314505X-RAY DIFFRACTION99
1.6203-1.67250.14087870.110514480X-RAY DIFFRACTION99
1.6725-1.73230.1397690.119614500X-RAY DIFFRACTION99
1.7323-1.80160.14547330.124914504X-RAY DIFFRACTION99
1.8016-1.88360.13557490.124814416X-RAY DIFFRACTION99
1.8836-1.98290.14067950.127114426X-RAY DIFFRACTION98
1.9829-2.1070.14667120.127314403X-RAY DIFFRACTION98
2.107-2.26960.14537550.126814395X-RAY DIFFRACTION98
2.2696-2.49780.1467400.135214306X-RAY DIFFRACTION98
2.4978-2.85870.1587480.138114249X-RAY DIFFRACTION97
2.8587-3.59950.16717810.143414183X-RAY DIFFRACTION97
3.5995-23.59470.1557360.146314074X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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