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万見
- PDB-6a48: Crystal structure of reelin N-terminal region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a48
タイトルCrystal structure of reelin N-terminal region
要素Reelin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Reelin / extracellular protein / LDLR family
機能・相同性
機能・相同性情報


spinal cord patterning / cerebral cortex tangential migration / reelin complex / positive regulation of lateral motor column neuron migration / lateral motor column neuron migration / Reelin signalling pathway / lipoprotein particle receptor binding / regulation of synaptic activity / interneuron migration / postsynaptic density protein 95 clustering ...spinal cord patterning / cerebral cortex tangential migration / reelin complex / positive regulation of lateral motor column neuron migration / lateral motor column neuron migration / Reelin signalling pathway / lipoprotein particle receptor binding / regulation of synaptic activity / interneuron migration / postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of CREB transcription factor activity / postsynaptic density assembly / ventral spinal cord development / regulation of behavior / positive regulation of synapse maturation / reelin-mediated signaling pathway / motor neuron migration / layer formation in cerebral cortex / receptor localization to synapse / glial cell differentiation / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / protein localization to synapse / NMDA glutamate receptor clustering / regulation of neuron migration / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / dentate gyrus development / regulation of synapse maturation / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of AMPA receptor activity / regulation of NMDA receptor activity / regulation of neuron differentiation / response to pain / dendrite development / associative learning / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of TOR signaling / long-term memory / forebrain development / serine-type peptidase activity / extracellular matrix / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / learning / axon guidance / positive regulation of long-term synaptic potentiation / hippocampus development / central nervous system development / long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / neuron migration / brain development / modulation of chemical synaptic transmission / cell morphogenesis / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell migration / regulation of gene expression / perikaryon / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / receptor ligand activity / neuron projection / positive regulation of protein phosphorylation / axon / neuronal cell body / dendrite / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Reelin / : / Reelin subrepeat B / Reeler domain / Reeler domain superfamily / Reelin domain profile. / Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Sialidase superfamily / Epidermal growth factor-like domain. ...Reelin / : / Reelin subrepeat B / Reeler domain / Reeler domain superfamily / Reelin domain profile. / Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Sialidase superfamily / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nagae, M. / Takagi, J.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Structural studies of reelin N-terminal region provides insights into a unique structural arrangement and functional multimerization.
著者: Nagae, M. / Suzuki, K. / Yasui, N. / Nogi, T. / Kohno, T. / Hattori, M. / Takagi, J.
履歴
登録2018年6月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22022年6月29日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8459
ポリマ－75,9811
非ポリマー8648
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area27670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.753, 90.999, 90.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Reelin / Reeler protein


分子量: 75980.852 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Reln, Rl / プラスミド: pcDNA3.1-His/Myc / 細胞株 (発現宿主): CHO 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q60841, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 8.0), 0.4M sodium chloride,25% (w/v) PEG monomethyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 46788 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4744 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 2.0E+26 / 解像度: 2→45.267 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 2363 5.07 %
Rwork0.2146 --
obs0.2168 46572 97.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5132 0 47 151 5330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8177249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1193126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064785
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004936
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04080.33751290.29252610X-RAY DIFFRACTION99
2.0408-2.08520.30721310.29072604X-RAY DIFFRACTION99
2.0852-2.13370.29021410.26552645X-RAY DIFFRACTION99
2.1337-2.18710.29811260.2562613X-RAY DIFFRACTION99
2.1871-2.24620.34631520.25472586X-RAY DIFFRACTION98
2.2462-2.31230.28751430.25292586X-RAY DIFFRACTION97
2.3123-2.38690.30581420.24732593X-RAY DIFFRACTION98
2.3869-2.47220.3091520.24912572X-RAY DIFFRACTION97
2.4722-2.57120.30721380.24292567X-RAY DIFFRACTION97
2.5712-2.68820.28821300.24122565X-RAY DIFFRACTION96
2.6882-2.82990.26761240.23842567X-RAY DIFFRACTION95
2.8299-3.00720.30591330.24942529X-RAY DIFFRACTION95
3.0072-3.23930.27611350.23772520X-RAY DIFFRACTION94
3.2393-3.56520.26131330.20482526X-RAY DIFFRACTION93
3.5652-4.08080.22871420.18062559X-RAY DIFFRACTION95
4.0808-5.14020.17821570.14992706X-RAY DIFFRACTION99
5.1402-45.27910.22581550.19422861X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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