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万見
- PDB-6a2w: Crystal structure of fucoxanthin chlorophyll a/c complex from Pha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a2w
タイトルCrystal structure of fucoxanthin chlorophyll a/c complex from Phaeodactylum tricornutum
要素Protein fucoxanthin chlorophyl a/c protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Light-harvesting / Fucoxanthin / Diatom
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / plastid / chlorophyll binding / response to light stimulus / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A86 / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c1 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Unknown ligand / Protein fucoxanthin chlorophyl a/c protein
類似検索 - 構成要素
生物種Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1 (珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wang, W. / Yu, L.J. / Kuang, T.Y. / Shen, J.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structural basis for blue-green light harvesting and energy dissipation in diatoms.
著者: Wang, W. / Yu, L.J. / Xu, C. / Tomizaki, T. / Zhao, S. / Umena, Y. / Chen, X. / Qin, X. / Xin, Y. / Suga, M. / Han, G. / Kuang, T. / Shen, J.R.
履歴
登録2018年6月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年2月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein fucoxanthin chlorophyl a/c protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,50934
ポリマ－18,3431
非ポリマー16,16633
水1,44180
1
A: Protein fucoxanthin chlorophyl a/c protein
ヘテロ分子

A: Protein fucoxanthin chlorophyl a/c protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,01868
ポリマ－36,6862
非ポリマー32,33366
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.749, 115.718, 141.261
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein fucoxanthin chlorophyl a/c protein / Protein fucoxanthin chlorophyll a/c protein


分子量: 18342.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1 (珪藻)
株: CCAP 1055/1 / 参照: UniProt: B7FRW2

-
糖 , 3種, 6分子

#8: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#9: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#11: 糖
ChemComp-SOG / octyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / 2-HYDROXYMETHYL-6-OCTYLSULFANYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4,5-TRIOL / 1-S-OCTYL-BETA-D-THIOGLUCOSIDE / octyl 1-thio-beta-D-glucoside / octyl 1-thio-D-glucoside / octyl 1-thio-glucoside / オクチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 308.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O5S / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 9種, 107分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6
#4: 化合物 ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3
#5: 化合物
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#6: 化合物 ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5
#7: 化合物 ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1


分子量: 610.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5
#10: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細There are some cylindrical shape electron densities around the pigment-protein complex, and it is ...There are some cylindrical shape electron densities around the pigment-protein complex, and it is hard to confirm whether they are detergents or lipid tails. Thus, these densities are assigned as UNL (unknown objects) tentatively.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: PEG 1000, calcium chloride, n-octal-D-thioglucoside, 4-Morpholineethanesulfonic acid hydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.983 Å / Num. obs: 36704 / % possible obs: 66.97 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 28.79 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02486 / Rpim(I) all: 0.02486 / Rrim(I) all: 0.03515 / Net I/σ(I): 11.55
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.7551 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 1157 / CC1/2: 0.721 / Rpim(I) all: 0.7551 / Rrim(I) all: 1.068 / % possible all: 31.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.983 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1968 1860 7.55 %
Rwork0.1748 --
obs-24631 67.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.62 Å2 / Biso mean: 43.66 Å2 / Biso min: 13.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→19.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1286 0 1130 80 2496
Biso mean--49.35 50.24 -
残基数----166
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.84870.2578660.198681287831
1.8487-1.9030.2336760.206924100036
1.903-1.96440.2507850.19951041112641
1.9644-2.03450.2252950.19551167126246
2.0345-2.11590.27151070.18521303141051
2.1159-2.21210.20041190.17471456157556
2.2121-2.32860.22941360.18141660179664
2.3286-2.47420.20371510.17911858200972
2.4742-2.66480.19111710.18122093226480
2.6648-2.93230.18721970.17772409260693
2.9323-3.35480.21142140.169726262840100
3.3548-4.22020.1622180.145226642882100
4.2202-19.98460.20152250.184627582983100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.4942 Å / Origin y: -2.4241 Å / Origin z: 17.2439 Å
111213212223313233
T0.2265 Å20.0265 Å2-0.0026 Å2-0.1172 Å2-0.0717 Å2--0.1447 Å2
L2.2195 °20.3234 °20.3617 °2-1.2048 °2-0.2395 °2--4.0586 °2
S0.0816 Å °0.1258 Å °-0.0825 Å °0.0298 Å °-0.0035 Å °-0.0005 Å °0.3406 Å °0.1025 Å °-0.0056 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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