PDB-6a2v: Crystal structure of Hcp protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a2v

タイトル

Crystal structure of Hcp protein

要素

Type VI secretion system tube protein Hcp

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / hemolysin coregulated protein / Type VI secretion system protein

機能・相同性

Hcp1-like / Pnp Oxidase; Chain A / Roll / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.588 Å

データ登録者

Jobichen, C. / Sivaraman, J.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the pathogenesis of Campylobacter jejuni Hcp1, a structural and effector protein of the Type VI Secretion System.
著者: Noreen, Z. / Jobichen, C. / Abbasi, R. / Seetharaman, J. / Sivaraman, J. / Bokhari, H.

履歴

登録	2018年6月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a2v.cif.gz	189.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a2v.ent.gz	150.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6a2v_validation.pdf.gz	475.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6a2v_full_validation.pdf.gz	488.6 KB	表示
XML形式データ	6a2v_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	6a2v_validation.cif.gz	48 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/6a2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/6a2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3he1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3he1-3 4hkh-d 3wpe-d 3he1-1 3he1-2 3zzl-1 4ldm-1 3wpb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type VI secretion system tube protein Hcp

B: Type VI secretion system tube protein Hcp

C: Type VI secretion system tube protein Hcp

D: Type VI secretion system tube protein Hcp

E: Type VI secretion system tube protein Hcp

F: Type VI secretion system tube protein Hcp

114 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.369, 91.920, 165.736
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Type VI secretion system tube protein Hcp 分子量: 18960.482 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: CV369_03455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2J0YLC6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Sodium acetate trihydrate, Tris HCl, Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.588→50 Å / Num. obs: 73986 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.588→2.64 Å / R_merge(I) obs: 0.56

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2733: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HE1

3he1

解像度: 2.588→19.968 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2551	3779	5.12 %
R_work	0.2151	-	-
obs	0.2172	73766	86.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.588→19.968 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7093	0	0	98	7191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7278
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.213	9890
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.283	4302
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	1147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1264

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5876-2.6203	0.3182	83	0.2959	1899	X-RAY DIFFRACTION	62
2.6203-2.6547	0.358	107	0.2824	2684	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6547-2.691	0.332	122	0.2733	2749	X-RAY DIFFRACTION	91
2.691-2.7293	0.2909	175	0.2741	2634	X-RAY DIFFRACTION	89
2.7293-2.77	0.3422	131	0.2758	2669	X-RAY DIFFRACTION	89
2.77-2.8131	0.3401	145	0.2791	2559	X-RAY DIFFRACTION	86
2.8131-2.8591	0.3182	108	0.2808	2335	X-RAY DIFFRACTION	78
2.8591-2.9083	0.3266	134	0.2714	2251	X-RAY DIFFRACTION	75
2.9083-2.961	0.3502	172	0.2668	2485	X-RAY DIFFRACTION	84
2.961-3.0178	0.2971	117	0.2534	2776	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0178-3.0791	0.3185	129	0.2614	2780	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0791-3.1459	0.3159	123	0.2482	2773	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1459-3.2187	0.3113	218	0.2601	2678	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2187-3.2989	0.308	179	0.2565	2705	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2989-3.3877	0.2924	132	0.2494	2803	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3877-3.4868	0.3032	129	0.2431	2666	X-RAY DIFFRACTION	90
3.4868-3.5988	0.2491	127	0.213	2549	X-RAY DIFFRACTION	85
3.5988-3.7266	0.2612	151	0.2385	2482	X-RAY DIFFRACTION	84
3.7266-3.8748	0.2662	171	0.2161	2748	X-RAY DIFFRACTION	93
3.8748-4.0497	0.274	134	0.2117	2558	X-RAY DIFFRACTION	85
4.0497-4.2613	0.206	123	0.1877	2683	X-RAY DIFFRACTION	90
4.2613-4.5253	0.191	103	0.1727	2395	X-RAY DIFFRACTION	80
4.5253-4.8701	0.19	123	0.1752	2114	X-RAY DIFFRACTION	70
4.8701-5.3516	0.2101	170	0.1694	2791	X-RAY DIFFRACTION	95
5.3516-6.1065	0.2429	128	0.1836	2953	X-RAY DIFFRACTION	97
6.1065-7.6217	0.2627	195	0.2157	2742	X-RAY DIFFRACTION	94
7.6217-19.9683	0.1874	150	0.1754	2526	X-RAY DIFFRACTION	85

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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