PDB-6a1h: Mandelate oxidase mutant-Y128F with 5-deazariboflavin mononucleotide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a1h

タイトル

Mandelate oxidase mutant-Y128F with 5-deazariboflavin mononucleotide

要素

4-hydroxymandelate oxidase

キーワード

FLAVOPROTEIN / FMN-dependent oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxymandelate oxidase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / vancomycin biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis orientalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Li, T.L. / Lin, K.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: The flavin mononucleotide cofactor in alpha-hydroxyacid oxidases exerts its electrophilic/nucleophilic duality in control of the substrate-oxidation level.
著者: Lyu, S.Y. / Lin, K.H. / Yeh, H.W. / Li, Y.S. / Huang, C.M. / Wang, Y.L. / Shih, H.W. / Hsu, N.S. / Wu, C.J. / Li, T.L.

履歴

登録	2018年6月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a1h.cif.gz	92.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a1h.ent.gz	67 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/6a1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/6a1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zzpC 5zzrC 5zzzC 6a08C 6a0vC 6a13C 6a19C 6a1lC 6a1mC 6a1pC 6a1rC 6a21C 6a23C 6a3tC 3sgzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a19-1 5zzr-1 6a08-1 5zzx-1 6a0o-1 6a1r-1 6a0v-1 6a11-1 5zzs-1 6a0m-1 7bsr-1 6a36-1 6a23-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
162 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.369, 137.369, 112.385
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	4-hydroxymandelate oxidase 分子量: 40029.562 Da / 分子数: 1 / 変異: Y128F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア) 遺伝子: hmo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52792, 4-hydroxymandelate oxidase
#2: 化合物	ChemComp-9O9 / 1-deoxy-1-(7,8-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimido[4,5-b]quinolin-10(2H)-yl)-5-O-phosphono-D-ribitol / 1-デオキシ-1-[3,4-ジヒドロ-7,8-ジメチル-2,4-ジオキソピリミド[4,5-b]キノリン-10(2H)-(以下略) 分子量: 455.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₃O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% Tascimate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→30 Å / Num. obs: 114235 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.028 / R_pim(I) all: 0.016 / Χ²: 1.004 / Net I/σ(I): 41.2
反射シェル	解像度: 1.36→1.41 Å / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 11308 / CC_1/2: 0.866 / R_pim(I) all: 0.25 / Χ²: 1.002 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(1.11.1_2575)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SGZ

3sgz

解像度: 1.36→30 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1813	5718	5.01 %
R_work	0.1681	-	-
obs	0.1688	114232	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2477	0	31	440	2948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	2633
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.412	3602
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.098	1479
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.12	419
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	471

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3595-1.3749	0.2558	211	0.2329	3551	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3749-1.3911	0.1943	182	0.2261	3574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3911-1.4081	0.2123	196	0.2154	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4081-1.4259	0.2462	192	0.2141	3553	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4259-1.4447	0.221	197	0.2019	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4447-1.4645	0.211	201	0.2007	3584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4645-1.4854	0.2199	188	0.201	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4854-1.5075	0.2299	198	0.1963	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5075-1.5311	0.2313	163	0.1936	3619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5311-1.5562	0.1874	192	0.185	3602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5562-1.583	0.1792	179	0.1782	3587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.583-1.6118	0.1949	169	0.1785	3601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6118-1.6428	0.1826	176	0.1756	3606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6428-1.6763	0.1958	190	0.1743	3649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6763-1.7128	0.1832	175	0.1783	3567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7128-1.7526	0.2085	190	0.1811	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7526-1.7964	0.211	192	0.1811	3567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7964-1.845	0.2008	222	0.1777	3580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.8993	0.1869	209	0.1671	3589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8993-1.9606	0.1758	178	0.1664	3623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9606-2.0306	0.1724	199	0.1633	3603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0306-2.1119	0.1733	194	0.1626	3646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1119-2.208	0.1696	165	0.1621	3630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.208-2.3243	0.1701	199	0.1599	3621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3243-2.4698	0.1583	193	0.1641	3652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4698-2.6604	0.1934	200	0.1666	3635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6604-2.9278	0.1836	192	0.1684	3659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9278-3.3507	0.1748	176	0.1596	3722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3507-4.2189	0.1474	201	0.1403	3707	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2189-26.7171	0.1794	199	0.1639	3834	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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