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万見
- PDB-6a0r: Homoserine dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8 unliganded form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a0r
タイトルHomoserine dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8 unliganded form
要素Homoserine dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / nad-dependent / dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


homoserine dehydrogenase / homoserine dehydrogenase activity / threonine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Homoserine dehydrogenase lacking ACT domain / Homoserine dehydrogenase, conserved site / Homoserine dehydrogenase signature. / Homoserine dehydrogenase, catalytic / Homoserine dehydrogenase / Aspartate/homoserine dehydrogenase, NAD-binding / Homoserine dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Homoserine dehydrogenase lacking ACT domain / Homoserine dehydrogenase, conserved site / Homoserine dehydrogenase signature. / Homoserine dehydrogenase, catalytic / Homoserine dehydrogenase / Aspartate/homoserine dehydrogenase, NAD-binding / Homoserine dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Unknown ligand / Homoserine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Akai, S. / Ikushiro, H. / Sawai, T. / Yano, T. / Kamiya, N. / Miyahara, I.
引用ジャーナル: J. Biochem. / 年: 2019
タイトル: The crystal structure of homoserine dehydrogenase complexed with l-homoserine and NADPH in a closed form
著者: Akai, S. / Ikushiro, H. / Sawai, T. / Yano, T. / Kamiya, N. / Miyahara, I.
履歴
登録2018年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Homoserine dehydrogenase
A: Homoserine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,69326
ポリマ－71,0602
非ポリマー1,63324
水13,673759
1
B: Homoserine dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Homoserine dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Homoserine dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Homoserine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,38652
ポリマ－142,1194
非ポリマー3,26748
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z+1/31
crystal symmetry operation4_455y-1,x,-z1
Buried area16680 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area48180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.197, 119.197, 144.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Homoserine dehydrogenase


分子量: 35529.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA0489 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SL04, homoserine dehydrogenase

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非ポリマー , 6種, 783分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 178.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細Authors state that they do not use 4-~{tert}-butylbenzoic acid or the derivatives as a ...Authors state that they do not use 4-~{tert}-butylbenzoic acid or the derivatives as a crystallization solution. Therefore, even though the electron density map is clearly 4-~{tert}-butylbenzoic acid, the ligand is assigned to 'unknown ligand (UNL)'

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium formate, CAPS pH 10.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 104929 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 48.7
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XDF

5xdf


解像度: 1.83→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17707 5231 5 %RANDOM
Rwork0.14825 ---
obs0.14971 99528 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.115 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20.12 Å20 Å2
2--0.23 Å2-0 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.83→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4984 0 106 759 5849
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0195484
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5142.0127465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.724312341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.535720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.32222.522230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94815855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.021559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0216347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0260.021224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3952.4412793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3942.4412794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3653.6353530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3653.6383531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6972.9482691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6972.9472690
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8474.2243932
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.22222.386746
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.22122.386747
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.829→1.876 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 378 -
Rwork0.207 7229 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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