PDB-6a0q: The crystal structure of Lpg2622_E64 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a0q

タイトル

The crystal structure of Lpg2622_E64 complex

要素

Lpg2622

キーワード

HYDROLASE / Cysteine protease

機能・相同性

Papain-like cysteine peptidase superfamily / Chem-E64 / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gong, X. / Ge, H.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of the hypothetical protein Lpg2622, a new member of the C1 family peptidases from Legionella pneumophila
著者: Gong, X. / Zhao, X. / Zhang, W. / Wang, J. / Chen, X. / Hameed, M.F. / Zhang, N. / Ge, H.

履歴

登録	2018年6月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a0q.cif.gz	137.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a0q.ent.gz	108.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6a0q_validation.pdf.gz	707.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6a0q_full_validation.pdf.gz	727.6 KB	表示
XML形式データ	6a0q_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	6a0q_validation.cif.gz	38.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a0nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mg0-1 7c2o-d 1x7a-2 4uad-d 6wx8-2 5kje-d 3bto-2 1lde-1 3two-d 1nsn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lpg2622

B: Lpg2622

ヘテロ分子

76.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lpg2622

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lpg2622

ヘテロ分子

B: Lpg2622

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.938, 179.938, 113.041
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-470- HOH

#1: タンパク質	Lpg2622 分子量: 38081.855 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-353 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg2622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZS97
#2: 化合物	ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE 分子量: 360.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₀N₅O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.53 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4 M Sodium acetate trihydrate, pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97916 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 54772 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.7 % / Net I/σ(I): 27.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24086	2777	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20457	-	-	-
obs	0.20639	51971	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.083 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0.23 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4997	0	25	123	5145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	5121
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	4808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.967	6923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.753	3	11091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.527	5	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.327	25.574	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.928	15	880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.011	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	758
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.055	3.957	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.055	3.956	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.834	5.895	3174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.834	5.897	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.038	4.578	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.037	4.579	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.742	6.617	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.8	33.046	5980
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.814	33.072	5950
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	208	-
R_work	0.295	3737	-
obs	-	-	98.35 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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