PDB-6a04: Structure of pSTING complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a04

タイトル

Structure of pSTING complex

要素

Stimulator of interferon genes protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / pSTING

機能・相同性

機能・相同性情報

2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / signaling adaptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Yuan, Z.L. / Shang, G.J. / Cong, X.Y. / Gu, L.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of porcine STINGCBD-CDN complexes reveal the mechanism of ligand recognition and discrimination of STING proteins.
著者: Cong, X. / Yuan, Z. / Du, Y. / Wu, B. / Lu, D. / Wu, X. / Zhang, Y. / Li, F. / Wei, B. / Li, J. / Wu, J. / Xu, S. / Wang, J. / Qi, J. / Shang, G. / Gu, L.

履歴

登録	2018年6月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a04.cif.gz	168.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a04.ent.gz	132.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6a04_validation.pdf.gz	843.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6a04_full_validation.pdf.gz	845.8 KB	表示
XML形式データ	6a04_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	6a04_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a04	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a03C 6a05C 6a06C 6iyfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ci6-2 6so2-d 3fsf-d 2b11-1 3fsk-d 1m7q-d 3gc9-2 2zaz-d 5xyx-d 3e93-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Stimulator of interferon genes protein

B: Stimulator of interferon genes protein

ヘテロ分子

46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.692, 63.950, 101.591
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Stimulator of interferon genes protein / poSTING / Transmembrane protein 173 分子量: 22833.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: TMEM173, STING / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8XX90
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 25599 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 42.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.9→31.053 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.64 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2496	1301	5.08 %
R_work	0.2021	-	-
obs	0.2044	25599	97.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.053 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2939	0	71	119	3129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3083
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.888	4195
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.66	1875
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	551

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8999-1.976	0.2805	127	0.2209	2691	X-RAY DIFFRACTION	98
1.976-2.0659	0.2902	149	0.2218	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0659-2.1748	0.2853	153	0.2029	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1748-2.311	0.264	129	0.2056	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.311-2.4894	0.2211	141	0.2117	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4894-2.7397	0.2784	164	0.2264	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7397-3.1358	0.2733	155	0.2262	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1358-3.9496	0.2313	166	0.1877	2600	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9496-31.0567	0.2248	117	0.1835	2626	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.1879	-0.6622	-0.0671	8.0984	-2.5562	4.8725	0.0601	0.3456	-0.4443	-0.2752	-0.1852	-0.2023	0.3169	0.4673	0.0966	0.2467	0.0047	0.0171	0.2959	0.0157	0.1935	15.1742	0.097	-16.2579
2	9.6779	0.1496	-6.7996	4.7392	-1.1692	8.0912	0.5003	0.4826	0.7098	0.0429	-0.0783	0.2441	-0.484	-0.6206	-0.4871	0.2758	0.0427	0.0139	0.2558	0.0484	0.2632	-6.441	9.0301	-6.9652
3	7.3925	-1.6311	-0.8821	0.2508	0.3195	3.747	-0.0821	-0.0433	-0.2109	0.0606	0.216	0.166	0.1424	-0.1978	-0.0996	0.293	-0.0003	-0.0034	0.2806	0.0454	0.2644	-1.3623	-1.0867	-1.296
4	0.4512	0.1886	-0.107	0.1521	-0.2747	3.5812	0.0913	0.0297	-0.1158	-0.0583	-0.0209	0.0295	0.2007	-0.2011	-0.0933	0.2157	-0.0204	0.0107	0.3023	0.0106	0.2895	-6.0704	-1.0484	-10.6831
5	2.9146	-1.2377	-1.3241	3.3092	1.4628	2.2297	-0.0125	-0.0628	-0.153	-0.1393	-0.0026	0.0016	-0.0438	0.0131	0.095	0.2364	-0.0408	-0.045	0.2499	0.0522	0.2579	3.704	-8.2462	-5.4059
6	3.8424	-1.3279	0.1109	2.535	-0.7639	2.6303	0.0015	-0.1003	0.0653	0.1458	0.0146	-0.5716	-0.0929	0.3593	-0.0173	0.2497	-0.0068	-0.0199	0.3143	0.0043	0.2256	17.509	-2.3547	-7.7381
7	5.731	2.1686	-1.2791	9.6405	-1.8864	6.6809	0.0827	0.0763	1.2045	0.6567	0.0944	-0.0491	-1.3187	0.3363	-0.2007	0.3618	-0.0897	0.0064	0.2854	0.0241	0.3528	7.3438	7.0089	-2.0021
8	6.2438	-2.8407	-3.2334	5.8705	1.785	6.8598	-0.2692	0.0265	-1.4416	0.0477	-0.332	-0.4683	1.8731	0.1455	0.4832	0.5777	0.0761	-0.0125	0.4084	0.1134	0.555	10.3403	-14.791	5.4528
9	2.7497	-0.553	-1.0216	2.8104	-2.169	2.6712	-0.0534	-0.473	-0.0786	0.321	0.071	-0.0858	0.0766	0.0479	-0.0605	0.1849	-0.042	-0.0271	0.2129	0.002	0.3085	3.217	-0.275	8.601
10	5.5006	1.3423	-0.5487	2.7707	0.0618	2.5984	0.0973	0.1172	-0.181	0.1767	0.0734	-0.5992	0.1792	0.4962	-0.1835	0.4477	0.0689	-0.0586	0.3724	0.0572	0.3331	15.8804	-2.081	-21.6612
11	3.2951	1.5698	3.9721	4.7773	-0.481	8.2953	0.1171	-0.0711	-0.7843	0.2073	-0.1178	0.0859	0.9932	-0.2855	-0.0041	0.4182	-0.0695	0.1113	0.2683	-0.0486	0.2938	-4.8773	-10.37	-31.4397
12	3.576	0.3218	0.6188	0.8506	0.1711	2.9909	0.0454	0.1528	-0.1068	-0.0635	-0.0667	-0.0067	0.0834	-0.1651	0.0383	0.2814	0.0387	0.0293	0.276	0.0166	0.1993	-2.0673	2.5058	-36.5644
13	4.5379	0.3814	0.9648	4.6327	1.2278	0.8701	0.0757	-0.181	-0.1624	0.1859	-0.0496	0.319	0.1658	-0.3126	-0.0347	0.2233	-0.0019	0.0449	0.2441	-0.0022	0.2115	-5.633	1.5286	-35.1888
14	5.4166	0.0915	0.6772	3.9713	1.8684	4.4029	-0.0594	0.2486	0.2382	0.1437	0.3329	-0.437	-0.0447	0.5176	-0.3068	0.2339	0.0158	0.0179	0.3696	0.0279	0.2707	16.7302	6.175	-26.2554
15	5.231	1.8541	0.0851	0.7379	0.635	5.797	0.0146	-0.1218	-0.4442	-0.1347	0.3062	-0.202	0.258	-0.38	-0.2464	0.1668	0.0053	-0.0166	0.3613	0.0174	0.2684	8.5709	-0.1214	-37.7184
16	7.0006	0.8296	-0.2187	5.2032	5.0917	5.1291	0.0023	0.8875	-0.3549	-0.6421	0.3644	-0.5163	-0.2969	-0.0551	-0.3986	0.2614	-0.025	0.002	0.427	0.0394	0.2712	4.0195	-1.5505	-46.9919

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 151 through 166 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 167 through 186 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 187 through 211 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 212 through 242 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 243 through 280 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 281 through 301 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 302 through 314 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 315 through 324 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 325 through 337 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 151 through 165 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 166 through 185 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 186 through 218 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 219 through 262 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 263 through 299 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 300 through 324 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 325 through 340 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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