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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zzu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal periplasmic domain of EcEptC from Escherichia coli- complex with Zn | ||||||
![]() | Phosphoethanolamine transferase EptC | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Phosphoethanolamine transferases | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, Y.Q. / Cheng, W. / Gu, Y.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and mechanistic insights into polymyxin resistance mediated by EptC originating from Escherichia coli 著者: Zhao, Y.Q. / Lai, Y.J. / Zhou, D. / Dou, C. / Gu, Y.J. / Nie, C.L. / Wei, Y.Q. / Cheng, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 241.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 192.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5znv S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46005.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0CB39, 転移酵素; リンを含む基を移すもの #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.02 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium formate (pH7.5), 20% (w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→46.83 Å / Num. obs: 56697 / % possible obs: 98.72 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 5.48 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 5219 / CC1/2: 0.887 / Rpim(I) all: 0.196 / Rrim(I) all: 0.472 / % possible all: 90.11 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5ZNV ![]() 5znv 解像度: 2.1→46.83 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.72
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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