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- PDB-5zzo: Crystal structure of CcpE regulatory domain in complex with citra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zzo
タイトルCrystal structure of CcpE regulatory domain in complex with citrate from Staphyloccocus aureus
要素LysR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / citrate-bound / Staphyloccocus aureus / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Hydrogen peroxide-inducible genes activator / Hydrogen peroxide-inducible genes activator
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chen, J. / Wang, L. / Shang, F. / Xu, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31200556 中国
National Natural Science Foundation of China21272031 中国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of the Citrate-Responsive Mechanism of the Regulatory Domain of Catabolite Control Protein E from Staphylococcus aureus
著者: Chen, J. / Shang, F. / Wang, L. / Zou, L. / Bu, T. / Jin, L. / Dong, Y. / Ha, N.C. / Quan, C. / Nam, K.H. / Xu, Y.
履歴
登録2018年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysR family transcriptional regulator
B: LysR family transcriptional regulator
C: LysR family transcriptional regulator
D: LysR family transcriptional regulator
E: LysR family transcriptional regulator
F: LysR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,73612
ポリマ－138,6016
非ポリマー1,1356
水11,728651
1
A: LysR family transcriptional regulator
D: LysR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5794
ポリマ－46,2002
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
2
B: LysR family transcriptional regulator
C: LysR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5794
ポリマ－46,2002
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
3
E: LysR family transcriptional regulator
F: LysR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5794
ポリマ－46,2002
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.788, 111.658, 152.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
LysR family transcriptional regulator


分子量: 23100.236 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 88-288 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues or side chains in disordered region were deleted
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ccpE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2P8TJ56, UniProt: A0A0D1IHL7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 4M sodium formate, 10mM sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9826 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 118067 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 25.02
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / Num. unique obs: 5336 / Rsym value: 0.774 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QBA

4qba


解像度: 2.5→31.889 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.44 / 位相誤差: 42.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 961 1.7 %
Rwork0.1981 --
obs0.1989 56606 93.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→31.889 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9387 0 78 655 10120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0149657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46613119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1593631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061706
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.63180.30581380.27947959X-RAY DIFFRACTION94
2.6318-2.79650.32811410.25188140X-RAY DIFFRACTION96
2.7965-3.01230.28691410.23548218X-RAY DIFFRACTION97
3.0123-3.31520.31951410.21048176X-RAY DIFFRACTION96
3.3152-3.79420.22681380.17687995X-RAY DIFFRACTION94
3.7942-4.77770.16441350.15067812X-RAY DIFFRACTION91
4.7777-31.89160.25911270.18847345X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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