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万見
- PDB-5zz1: Probing the active center of catalase-phenol oxidase from Scytali... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zz1
タイトルProbing the active center of catalase-phenol oxidase from Scytalidium thermophilum
要素Catalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Catalase-phenol oxidase / Scytalidium thermophilum
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase, four-helical domain / Large catalase, C-terminal domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. ...Catalase, four-helical domain / Large catalase, C-terminal domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-AMINO-1,2,4-TRIAZOLE / CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycothermus thermophilus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Yuzugullu Karakus, Y. / Trinh, C.H. / Pearson, A.R. / Ogel, Z.B. / McPherson, M.J.
資金援助 トルコ, 1件
組織認可番号国
Other government113Z744 トルコ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Identification of the site of oxidase substrate binding in Scytalidium thermophilum catalase.
著者: Yuzugullu Karakus, Y. / Goc, G. / Balci, S. / Yorke, B.A. / Trinh, C.H. / McPherson, M.J. / Pearson, A.R.
履歴
登録2018年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase
B: Catalase
C: Catalase
D: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,52621
ポリマ－317,1234
非ポリマー3,40317
水29,6531646
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.528, 121.677, 185.454
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA21 - 69642 - 717
21LEULEUBB21 - 69642 - 717
12ASPASPAA21 - 69742 - 718
22ASPASPCC21 - 69742 - 718
13ASPASPAA21 - 69742 - 718
23ASPASPDD21 - 69742 - 718
14LEULEUBB21 - 69642 - 717
24LEULEUCC21 - 69642 - 717
15LEULEUBB21 - 69642 - 717
25LEULEUDD21 - 69642 - 717
16ASPASPCC21 - 69742 - 718
26ASPASPDD21 - 69742 - 718

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999044, 0.043697, -0.001147), (0.043665, 0.996414, -0.072472), (-0.002024, -0.072453, -0.99737)-19.6849, 3.7477, 90.993874

-
要素

#1: タンパク質
Catalase


分子量: 79280.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycothermus thermophilus (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M4GGR7, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HDD / CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / HEME


分子量: 632.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O5
#3: 化合物
ChemComp-3TR / 3-AMINO-1,2,4-TRIAZOLE / AMITROLE / アミトロ-ル


分子量: 84.080 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4N4 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PROTEIN CRYSTAL WAS OBTAINED IN 6-16 % PEG400, 0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.01 M CALCIUM CHLORIDE DEHYDRATE AND 0.05 M SODIUM CACODYLATE TRIHYDRATE AT PH 5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→29.4 Å / Num. obs: 206818 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 9578 / CC1/2: 0.843 / Rpim(I) all: 0.235 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AUM

4aum


解像度: 1.91→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 5.294 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.117
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1737 10381 5 %RANDOM
Rwork0.1421 ---
obs0.1437 196437 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.42 Å2 / Biso mean: 20.604 Å2 / Biso min: 7.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20.5 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21107 0 241 1646 22994
Biso mean--19.37 23.79 -
残基数----2709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01422169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01719004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9371.67330236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0641.64544560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.02452763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.86522.1031265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.019153366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.01915160
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.22815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0225734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.024422
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.87

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A53641.24
2A53722.47
3A53722.4
4B52992.67
5B52992.56
6C53211.04
LS精密化 シェル解像度: 1.914→1.963 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 739 -
Rwork0.205 13911 -
all-14650 -
obs--94.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46240.0730.16230.51380.03250.30290.0059-0.15930.05190.1759-0.02420.034-0.0424-0.0510.01830.07-0.00270.00970.0549-0.01790.0072-4.648613.834771.8558
20.43160.04810.15570.465-0.05130.3305-0.0370.17460.0453-0.17220.02740.0691-0.03040.01380.00970.0714-0.0101-0.02810.07960.01850.0154-14.563412.112918.323
30.3558-0.02640.1120.4496-0.02940.37180.036-0.0552-0.0730.1041-0.0124-0.07970.05920.0438-0.02360.03740-0.02840.020.01360.031211.1185-12.752963.1128
40.39150.06450.12210.38040.02370.37260.02520.0642-0.0707-0.090.00470.13550.0728-0.0817-0.02990.0386-0.0144-0.04380.0415-0.01110.0716-31.3872-13.075728.9251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 697
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 698
3X-RAY DIFFRACTION3C21 - 698
4X-RAY DIFFRACTION4D21 - 698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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