PDB-5zyr: Crystal structure of the reductase (C1) component of p-hydroxyphe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zyr

タイトル

Crystal structure of the reductase (C1) component of p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase (HPAH) from Acinetobacter baumannii

要素

p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase, reductase component

キーワード

FLAVOPROTEIN / Reductase / Monooxygenase / Acinetobacter baumannii

機能・相同性

機能・相同性情報

flavin reductase (NADH) / flavin reductase (NADH) activity / riboflavin reductase (NADPH) activity / catabolic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.20001320062 Å

データ登録者

Oonanant, W. / Phongsak, T. / Sucharitakul, J. / Chaiyen, P. / Yuvaniyama, J.

資金援助

タイ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the reductase (C1) component of p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase (HPAH) from Acinetobacter baumannii
著者: Oonanant, W. / Phongsak, T. / Sucharitakul, J. / Chaiyen, P. / Yuvaniyama, J.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2012
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the reductase component of p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase from Acinetobacter baumannii
著者: Oonanant, W. / Sucharitakul, J. / Chaiyen, P. / Yuvaniyama, J.

#2: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2012
タイトル: The C-terminal domain of 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase from Acinetobacter baumannii is an autoinhibitory domain
著者: Phongsak, T. / Sucharitakul, J. / Thotsaporn, K. / Oonanant, W. / Yuvaniyama, J. / Svasti, J. / Ballou, D.P. / Chaiyen, P.

#3: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...

履歴

登録	2018年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5zyr.ent.gz	212 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zyr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zyr_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zyr_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5zyr_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	5zyr_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/5zyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/5zyr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5zc2-d 5hzb-d 3o0y-2 5mq6-d 6x70-d 3gqc-2 1hi0-2 5zuq-1 3zu7-d 1uvn-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.1107/S1744309112016909 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase, reductase component

B: p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase, reductase component

ヘテロ分子

71.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.992, 59.900, 212.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase, reductase component / 4-HPA 3-monooxygenase small component / Flavin:NAD(+) oxidoreductase / p-hydroxyphenylacetate 3- ...4-HPA 3-monooxygenase small component / Flavin:NAD(+) oxidoreductase / p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase C1 component 分子量: 35455.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: C1-hpah / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6Q271, flavin reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.42 % / 解説: Yellow rod shape with a tapered end
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 400, sodium acetate, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 31616 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 42.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.119 / Χ²: 0.981 / Net I/σ(I): 9.45
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique obs: 2591 / Χ²: 0.768 / % possible all: 81.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS	v1.2	位相決定
Coot	0.8.8	モデル構築
PHENIX	1.11.1_2575	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.20001320062→29.9528 Å / SU ML: 0.273500794138 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33649246174 / 位相誤差: 23.0556794462
詳細: Atoms with zero occupancy have unobserved density and are modeled with the most probable rotamer that does not clash with other surrounding atoms.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218998393315	1648	5.2643347708 %	Random selection
R_work	0.169797216896	-	-	-
obs	0.172348253032	31305	97.6998938893 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.3670044805 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.20001320062→29.9528 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4846	0	70	127	5043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00870148255352	5033
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.937744249996	6805
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0544765395634	740
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062060904545	876
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.8323218951	3008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.20001320062-2.2647	0.276811581405	118	0.233580379256	2090	X-RAY DIFFRACTION	84.0182648402
2.2647-2.3378	0.279820534149	156	0.219743262411	2317	X-RAY DIFFRACTION	95.4457738325
2.3378-2.4213	0.307871105986	133	0.218689365602	2458	X-RAY DIFFRACTION	98.330170778
2.4213-2.5182	0.269546500989	144	0.201537742235	2488	X-RAY DIFFRACTION	99.696969697
2.5182-2.6328	0.257289012685	147	0.186587915101	2473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.7715	0.267164123604	141	0.18721454961	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7715-2.945	0.249644505428	132	0.194880541658	2539	X-RAY DIFFRACTION	99.925177703
2.945-3.1721	0.220188369384	139	0.193148513654	2516	X-RAY DIFFRACTION	99.9247271359
3.1721-3.4909	0.273339945397	120	0.178107669884	2556	X-RAY DIFFRACTION	99.6648044693
3.4909-3.9951	0.19271598238	151	0.157171457263	2535	X-RAY DIFFRACTION	99.518340126
3.9951-5.0295	0.183235813796	140	0.134131733673	2531	X-RAY DIFFRACTION	98.6701145179
5.0295-29.9528	0.176459976842	127	0.158406325322	2667	X-RAY DIFFRACTION	97.0813064628

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.29617387267	-0.631975720477	-0.317783132016	2.444812784	-0.107303920551	3.61807047574	-0.0814482480612	-0.480995029347	0.315853351653	0.315224576896	-0.0290186404956	0.208715910534	-0.148614370913	-0.29969100278	0.100383375679	0.286691460845	-0.0384751926626	0.0145982545989	0.40961421985	-0.102966477282	0.369115884828	13.9222192692	5.46517384229	40.2655195443
2	2.07617255723	-5.29942862204	-3.51518893537	7.77881969407	5.72454346153	2.05850188421	0.436939147201	1.21316526313	-0.264159639852	-0.188836916959	-0.0190349896359	-0.215787435634	0.328491359642	0.513895407958	-0.23929949203	0.469255002499	0.0295013728823	0.0123519806616	0.540230464621	-0.0632848133488	0.461296909913	13.8043951032	-13.0022044674	5.9216172557
3	4.60832820355	1.09507523862	3.46183076506	1.62495992568	2.03535104613	6.55899943193	-0.146327116897	0.184424519149	0.411566929737	-0.305205333045	-0.0318336145769	-0.216355850695	-0.433207963712	0.499044397903	0.171596356284	0.36318293181	9.56984777837E-5	0.0668128980062	0.281232501807	0.0940753915306	0.432854958904	30.5765517895	8.56243994371	15.6907952396
4	3.01018990256	-0.10682407799	0.392152739071	2.28377095207	0.134935980622	3.24697997104	0.0112742280279	-0.343926452907	-0.464931133491	0.193065416183	-0.03639403154	0.112728394526	0.553939502866	-0.122351160212	0.0247923081251	0.35560347299	-0.051821722241	0.0253919701469	0.299004570493	0.0409267209124	0.352753312615	20.7407588985	-14.5954076184	35.6953322206
5	2.04740615663	-5.21522468642	-0.398650805941	5.41939427397	1.48312295798	3.90605507233	0.220404970234	1.05311810153	1.37488749212	-0.311953542997	-0.214651835703	0.201601678261	-0.554553403654	-0.356920236163	0.0874784959048	0.448110125994	0.0168632122739	-0.00888926490647	0.374488771716	0.13262662364	0.647256014992	24.2411076744	16.6574806959	13.4270792238
6	4.38930900274	1.6534748904	-1.5574176608	2.93182299596	-1.6870900802	4.36257731627	-0.11488201927	0.109370753605	-0.176582242347	-0.399035835565	-0.0240630424313	0.263107618519	0.266884805278	-0.591518293421	0.135654305673	0.329541837453	0.0322958434352	-0.0700734595668	0.352476273173	-0.130135620596	0.323735641771	6.77384865506	-6.43444365891	10.7693445054

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 10:168)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 169:190)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 191:315)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 10:168)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 169:190)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 191:315)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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