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- PDB-5zym: Crystal structure of CERT START domain in complex with compound E25B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zym
タイトルCrystal structure of CERT START domain in complex with compound E25B
要素LIPID-TRANSFER PROTEIN CERT
キーワードLIPID TRANSPORT / CERT / PH / START / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


intermembrane sphingolipid transfer / ceramide transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / ceramide 1-phosphate transfer activity / ceramide 1-phosphate binding / ceramide transport / ceramide metabolic process / ceramide binding / intermembrane lipid transfer / Sphingolipid de novo biosynthesis ...intermembrane sphingolipid transfer / ceramide transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / ceramide 1-phosphate transfer activity / ceramide 1-phosphate binding / ceramide transport / ceramide metabolic process / ceramide binding / intermembrane lipid transfer / Sphingolipid de novo biosynthesis / endoplasmic reticulum organization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / lipid homeostasis / heart morphogenesis / muscle contraction / response to endoplasmic reticulum stress / mitochondrion organization / cell morphogenesis / kinase activity / in utero embryonic development / cell population proliferation / immune response / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
STARD11, START domain / : / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / PH domain ...STARD11, START domain / : / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9M6 / Ceramide transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Suzuki, M. / Nakao, N. / Ueno, M. / Sakai, S. / Egawa, D. / Hanzawa, H. / Kawasaki, S. / Kumagai, K. / Kobayashi, S. / Hanada, K.
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2019
タイトル: Natural ligand-nonmimetic inhibitors of the lipid-transfer protein CERT
著者: Nakao, N. / Ueno, M. / Sakai, S. / Egawa, D. / Hanzawa, H. / Kawasaki, S. / Kumagai, K. / Suzuki, M. / Kobayashi, S. / Hanada, K.
履歴
登録2018年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPID-TRANSFER PROTEIN CERT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5963
ポリマ－27,0571
非ポリマー5402
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area12020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.868, 59.868, 153.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 LIPID-TRANSFER PROTEIN CERT / Ceramide transfer protein / hCERT / StAR-related lipid transfer protein 11


分子量: 27056.781 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 364-598 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CERT / プラスミド: pET28b-His-3C-CERT START / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5P4
#2: 化合物 ChemComp-9M6 / 2-[4-[4-cyclopentyl-3-[(1~{R},2~{S})-2-pyridin-2-ylcyclopropyl]phenyl]phenyl]sulfonylethanol


分子量: 447.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Two residues GLY362A and PRO363A are originated from protease site after N-terminal affinity tag. ...Two residues GLY362A and PRO363A are originated from protease site after N-terminal affinity tag. THIS SEQUENCE CORRESPONDS TO THE ISOFORM 2 FOUND IN UNP Q9Y5P4.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 0.1M trisodium citrate/HCl buffer, pH 5.9, containing 24% PEG3350 and 0.2% n-octyl-beta-D-glucoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2017年10月4日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28.46 Å / Num. obs: 22919 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.944.90.44415220.7750.2230.599.6
8.91-28.464.70.052720.9940.0250.05795.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrysalisProデータ削減
REFMAC位相決定
精密化解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.197 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2284 1189 5.2 %RANDOM
Rwork0.1797 ---
obs0.1823 21667 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.45 Å2 / Biso mean: 20.107 Å2 / Biso min: 6.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.1 Å2-0 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1886 0 38 243 2167
Biso mean--31.41 28.23 -
残基数----235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1131.9512709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1095236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.7824.43397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.02515331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2811513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211514
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.966 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 105 -
Rwork0.198 2089 -
all-2194 -
obs--99.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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