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- PDB-5zy8: Crystal structure of C terminal truncated HadBC (3R-Hydroxyacyl-A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zy8
タイトルCrystal structure of C terminal truncated HadBC (3R-Hydroxyacyl-ACP Dehydratase) complex from Mycobacterium tuberculosis
要素
  • 3-hydroxyacyl-ACP dehydratase
  • UPF0336 protein Rv0637
キーワードLYASE / Heterodimer / Complex / Hot-dog fold / Dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


(3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acid elongation / long-chain fatty acid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dehydratase subunit HadA-like / N-terminal of MaoC-like dehydratase / N-terminal half of MaoC dehydratase / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB / : / UPF0336 protein Rv0637
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.899 Å
データ登録者Singh, B.K. / Biswas, R. / Bhattacharyya, S. / Basak, A. / Das, A.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
BT/PR12404/BRB/10/1362/2014 インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: The C-terminal end of mycobacterial HadBC regulates AcpM interaction during the FAS-II pathway: a structural perspective.
著者: Singh, B.K. / Biswas, R. / Bhattacharyya, S. / Basak, A. / Das, A.K.
履歴
登録2018年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0336 protein Rv0637
B: 3-hydroxyacyl-ACP dehydratase
C: UPF0336 protein Rv0637
D: 3-hydroxyacyl-ACP dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1774
ポリマ－66,1774
非ポリマー00
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area24130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.417, 119.417, 99.177
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B
21(chain D and resid 2 through 142)
12(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...
22(chain C and (resid 3 through 113 or resid 119 through 143))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAALAALAchain BBB2 - 1422 - 142
211ALAALAALAALA(chain D and resid 2 through 142)DD2 - 1422 - 142
112LEULEULYSLYS(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...AA3 - 43 - 4
122LEULEUMETMET(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...AA3 - 1433 - 143
132LEULEUMETMET(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...AA3 - 1433 - 143
142LEULEUMETMET(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...AA3 - 1433 - 143
152LEULEUMETMET(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...AA3 - 1433 - 143
212LEULEUASPASP(chain C and (resid 3 through 113 or resid 119 through 143))CC3 - 1133 - 113
222ASPASPMETMET(chain C and (resid 3 through 113 or resid 119 through 143))CC119 - 143119 - 143

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 UPF0336 protein Rv0637 / HadC subunit


分子量: 18138.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv0637, MTCY20H10.18 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFJ9
#2: タンパク質 3-hydroxyacyl-ACP dehydratase / HadB subunit


分子量: 14949.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: LH57_03445 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L0T618, UniProt: I6WYY7*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 2% v/v 1,4-dioxane, 0.1M Tris HCl, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.899→103.418 Å / Num. obs: 18426 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 59.13 Å2 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.152 / Rsym value: 0.147 / Net I/av σ(I): 5.1 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.9-3.0615.21.0260.826440.2691.0611.02699.7
3.06-3.2415.30.6441.225210.1680.6660.64499.8
3.24-3.4615.20.4071.923690.1070.4210.40799.9
3.46-3.7415.20.2523.122150.0660.260.252100
3.74-4.115.10.1654.720700.0440.1710.165100
4.1-4.58150.0938.318450.0250.0960.093100
4.58-5.2914.90.06811.216490.0180.070.068100
5.29-6.4814.80.07110.714210.0190.0730.071100
6.48-9.1714.20.03718.411140.010.0390.037100
9.17-19.54412.70.02425.15780.0070.0250.02490.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.551
最高解像度最低解像度
Rotation19.55 Å3.08 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RLJ

4rlj


解像度: 2.899→19.544 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 849 4.61 %
Rwork0.1856 --
obs0.1877 18408 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 159.62 Å2 / Biso mean: 65.6146 Å2 / Biso min: 26.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.899→19.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4267 0 0 119 4386
Biso mean---50.88 -
残基数----553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084355
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2345910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079673
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007760
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6752561
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B1226X-RAY DIFFRACTION10.676TORSIONAL
12D1226X-RAY DIFFRACTION10.676TORSIONAL
21A1190X-RAY DIFFRACTION10.676TORSIONAL
22C1190X-RAY DIFFRACTION10.676TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8988-3.07980.35531310.264828763007
3.0798-3.31650.24641190.227229213040
3.3165-3.64830.24791420.198128783020
3.6483-4.17170.23871530.189129133066
4.1717-5.23910.21751470.159429343081
5.2391-19.54460.19221570.164630373194
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.8975 Å / Origin y: -24.9445 Å / Origin z: 42.5885 Å
111213212223313233
T0.3119 Å20.1535 Å20.1295 Å2-0.2884 Å20.1523 Å2--0.3369 Å2
L0.7082 °20.6553 °2-0.5445 °2-0.9256 °2-0.2952 °2--1.3341 °2
S0.112 Å °0.2541 Å °0.2166 Å °0.3152 Å °0.1754 Å °0.2795 Å °-0.2292 Å °-0.3234 Å °0.4785 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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