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- PDB-5zy6: catechol methyltransferase spCOMT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zy6
タイトルcatechol methyltransferase spCOMT
要素Probable catechol O-methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / catechol / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


Methylation / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / carboxyl-O-methyltransferase activity / catechol O-methyltransferase / catecholamine metabolic process / O-methyltransferase activity / cellular detoxification / methylation / metal ion binding ...Methylation / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / carboxyl-O-methyltransferase activity / catechol O-methyltransferase / catecholamine metabolic process / O-methyltransferase activity / cellular detoxification / methylation / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Probable catechol O-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Wang, Q. / Xu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaU1732114, 31770788, 31770895 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: structural insight into spCOMT
著者: Wang, Q.
履歴
登録2018年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable catechol O-methyltransferase 1
B: Probable catechol O-methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6234
ポリマ－62,8262
非ポリマー7972
水5,477304
1
A: Probable catechol O-methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8112
ポリマ－31,4131
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable catechol O-methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8112
ポリマ－31,4131
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.265, 78.858, 102.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable catechol O-methyltransferase 1


分子量: 31413.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: O42898, catechol O-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21% PEG4000, 0.1% MES pH5.6, (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→50 Å / Num. obs: 34385 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 35
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique obs: 1668 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4pyj

4pyj


解像度: 2.099→36.813 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2342 1733 5.05 %
Rwork0.1854 --
obs0.1879 34326 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→36.813 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3868 0 54 304 4226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.095410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.241511
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005691
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0991-2.16090.27561310.20752665X-RAY DIFFRACTION99
2.1609-2.23060.26421310.18122693X-RAY DIFFRACTION99
2.2306-2.31030.28611250.18872707X-RAY DIFFRACTION99
2.3103-2.40280.27271530.19412632X-RAY DIFFRACTION99
2.4028-2.51220.24961330.192703X-RAY DIFFRACTION99
2.5122-2.64460.26511280.20092710X-RAY DIFFRACTION100
2.6446-2.81020.24661530.20072691X-RAY DIFFRACTION100
2.8102-3.02710.23971490.20152709X-RAY DIFFRACTION100
3.0271-3.33150.25371430.20712715X-RAY DIFFRACTION99
3.3315-3.81320.25991490.17612742X-RAY DIFFRACTION100
3.8132-4.80250.18971800.15212758X-RAY DIFFRACTION100
4.8025-36.81880.19351580.18392868X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.5584 Å / Origin y: 9.2522 Å / Origin z: -6.8336 Å
111213212223313233
T0.1473 Å20.0249 Å2-0.0322 Å2-0.1631 Å2-0.0014 Å2--0.1688 Å2
L-0.0273 °2-0.2192 °2-0.1687 °2-0.8689 °20.5691 °2--0.2897 °2
S-0.0256 Å °0.0137 Å °-0.0072 Å °-0.0585 Å °-0.0122 Å °0.0613 Å °-0.0668 Å °-0.0382 Å °0.0256 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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