[日本語] English
万見
- PDB-5zw4: Crystal structure of tRNA bound TrmR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zw4
タイトルCrystal structure of tRNA bound TrmR
要素
  • Putative O-methyltransferase YrrM
  • RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*CP*UP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*GP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / transferase / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (uridine) methyltransferase activity / tRNA methylation / O-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
tRNA 5-hydroxyuridine methyltransferase / : / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10) / tRNA 5-hydroxyuridine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kim, J. / Ryu, H. / Almo, S.C.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2016R1D1A1B03930716 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Identification of a novel tRNA wobble uridine modifying activity in the biosynthesis of 5-methoxyuridine.
著者: Ryu, H. / Grove, T.L. / Almo, S.C. / Kim, J.
履歴
登録2018年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative O-methyltransferase YrrM
D: RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*CP*UP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9304
ポリマ－31,4372
非ポリマー4932
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.982, 64.982, 126.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Putative O-methyltransferase YrrM


分子量: 26041.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yrrM, BSU27360 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O32036, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*CP*UP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*GP*G)-3')


分子量: 5395.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4 M Ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50.01 Å / Num. obs: 32851 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 17.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.718 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.7-1.739.514000.4490.6771.35781.4
1.73-1.7610.514550.5560.51.39883.5
1.76-1.7911.315580.6990.411.41892.2
1.79-1.8312.416430.7410.3291.4596.1
1.83-1.8713.917310.8880.2851.51199.8
1.87-1.9113.117150.9380.7942.16999.9
1.91-1.9615.317040.9710.2192.56299.80.8050.836
1.96-2.0221.617410.9840.1111.7041000.5090.521
2.02-2.0721.717220.990.0711.6641000.3250.333
2.07-2.1421.717150.9930.0591.6881000.270.277
2.14-2.2220.917320.9940.061.8791000.2690.276
2.22-2.3112.49590.9760.0872.31555.50.3110.325
2.31-2.4121.517540.9970.0341.7721000.1550.159
2.41-2.5421.417310.9970.0291.8021000.1310.134
2.54-2.721.217710.9970.0251.821000.1120.114
2.7-2.912117370.9980.0211.81000.0950.098
2.91-3.220.417650.9980.0191.6031000.0840.086
3.2-3.661915900.9980.0171.4789.20.0730.075
3.66-4.6118.315580.9990.0151.46786.40.0640.066
4.61-501718700.9970.0161.41597.30.0650.067

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GPY

2gpy


解像度: 1.7→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 5.243 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.11
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2223 1613 5.1 %RANDOM
Rwork0.1928 ---
obs0.1943 30082 90.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 208.14 Å2 / Biso mean: 44.255 Å2 / Biso min: 18.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.04 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 317 32 162 2266
Biso mean--34.87 45.99 -
残基数----232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0182223
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0031.8593076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95534434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5616.254295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94724.02292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.4215332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.1051514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.202340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02450
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.743 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 95 -
Rwork0.295 1986 -
all-2081 -
obs--81.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2775-0.1211-0.06810.1327-0.06260.4820.0077-0.0591-0.0073-0.0077-0.01130.0362-0.09580.08430.00360.11760.0078-0.00240.0606-0.01960.0237-28.11466.8175-30.1587
26.9325-4.04786.32013.6279-5.203913.40460.6415-0.77180.1712-0.13550.82550.0761-0.4008-0.8049-1.46710.1885-0.04220.21860.2178-0.0510.3709-9.97778.5676-10.0517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 217
2X-RAY DIFFRACTION2D27 - 43

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る