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万見
- PDB-5zw3: Crystal Structure of TrmR from B. subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zw3
タイトルCrystal Structure of TrmR from B. subtilis
要素Putative O-methyltransferase YrrM
キーワードRNA BINDING PROTEIN / transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (uridine) methyltransferase activity / tRNA methylation / O-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
tRNA 5-hydroxyuridine methyltransferase / : / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA 5-hydroxyuridine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Kim, J. / Ryu, H. / Almo, S.C.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2016R1D1A1B03930716 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Identification of a novel tRNA wobble uridine modifying activity in the biosynthesis of 5-methoxyuridine.
著者: Ryu, H. / Grove, T.L. / Almo, S.C. / Kim, J.
履歴
登録2018年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative O-methyltransferase YrrM
B: Putative O-methyltransferase YrrM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9016
ポリマ－52,0842
非ポリマー8174
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area17230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.874, 116.738, 43.437
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 217 / Label seq-ID: 3 - 217

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Putative O-methyltransferase YrrM


分子量: 26041.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yrrM, BSU27360 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O32036, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.1 M Ammonium tartrate dibasic (pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 18494 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 1.463 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 113363
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.27-2.315.10.4138780.9760.2020.4621.29697.6
2.31-2.356.10.399060.970.1720.4281.391100
2.35-2.46.30.359280.9810.1510.3821.373100
2.4-2.456.30.3529090.9870.1540.3851.408100
2.45-2.56.30.3229040.9850.1390.3521.402100
2.5-2.566.30.2549270.9870.110.2781.4100
2.56-2.626.40.2568870.9890.1110.281.513100
2.62-2.696.30.2429420.9890.1060.2651.55299.8
2.69-2.776.30.1999070.990.0860.2181.452100
2.77-2.866.30.189280.9910.0780.1971.54100
2.86-2.966.30.1469160.9940.0640.161.503100
2.96-3.086.30.1329280.9950.0570.1441.568100
3.08-3.226.30.1029220.9960.0440.1111.52100
3.22-3.396.20.0889350.9960.0390.0971.494100
3.39-3.66.20.0779320.9970.0340.0841.5399.8
3.6-3.886.10.0729410.9980.0320.0791.68999.6
3.88-4.276.10.0639380.9970.0270.0681.59399.9
4.27-4.8960.0569540.9980.0250.0621.42699.8
4.89-6.165.90.0589630.9970.0260.0641.23599
6.16-505.50.069490.9970.0280.0671.29890.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GPY

2gpy


解像度: 2.27→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 11.195 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.442 / ESU R Free: 0.269
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2661 899 4.9 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.2156 17560 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.74 Å2 / Biso mean: 46.317 Å2 / Biso min: 26.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.53 Å20 Å20 Å2
2---5.96 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3204 0 54 88 3346
Biso mean--34.43 43.11 -
残基数----400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0010.0193331
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.4151.9794526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.45237076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9855396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.15125.061164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15915555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9381514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0340.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.0213656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02634
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12434 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.273→2.332 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 67 -
Rwork0.353 1162 -
all-1229 -
obs--91.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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