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万見
- PDB-5zvq: Crystal structure of recombination mediator protein RecR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zvq
タイトルCrystal structure of recombination mediator protein RecR
要素Recombination protein RecR
キーワードRECOMBINATION / recombination mediator protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA recombination / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RecR, C-terminal / RecR, helix-hairpin-helix / DNA recombination protein RecR / Recombination protein RecR, conserved site / Recombination protein RecR / RecR, TOPRIM domain / RecR, Cys4-zinc finger motif / RecR protein signature. / Toprim domain / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 ...RecR, C-terminal / RecR, helix-hairpin-helix / DNA recombination protein RecR / Recombination protein RecR, conserved site / Recombination protein RecR / RecR, TOPRIM domain / RecR, Cys4-zinc finger motif / RecR protein signature. / Toprim domain / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / TOPRIM / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Recombination protein RecR
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chaudhary, S.K. / Sekar, K. / Jeyakanthan, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of recombination mediator protein RecR
著者: Chaudhary, S.K. / Sekar, K. / Jeyakanthan, J.
履歴
登録2018年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombination protein RecR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3373
ポリマ－21,2361
非ポリマー1012
水54030
1
A: Recombination protein RecR
ヘテロ分子

A: Recombination protein RecR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6756
ポリマ－42,4732
非ポリマー2024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area22000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.920, 100.220, 136.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Recombination protein RecR


分子量: 21236.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: recR, TTHA1600
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SHY0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Potassium chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35% v/v Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→80.68 Å / Num. obs: 8602 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 10.3 % / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VDD

1vdd


解像度: 2.5→80.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.495 / ESU R Free: 0.31
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2828 426 5 %RANDOM
Rwork0.2361 ---
obs0.2384 8176 96.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.06 Å2 / Biso mean: 76.335 Å2 / Biso min: 43.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.04 Å2-0 Å20 Å2
2---0.54 Å2-0 Å2
3---4.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→80.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1444 0 2 30 1476
Biso mean--83.78 65.26 -
残基数----194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191473
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1142.0121994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.76333292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7545195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.632260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.48715248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.011518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6167.671777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6167.671776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.27111.504970
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 18 -
Rwork0.332 587 -
all-605 -
obs--90.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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