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- PDB-5zvb: APOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA(dT9) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zvb
タイトルAPOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA(dT9)
要素
  • APEBEC3F/ssDNA-T9
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA / APOBEC3F / HIV-1 / deamination / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / single-stranded DNA cytosine deaminase / base conversion or substitution editing / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / : / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of viral process ...apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / single-stranded DNA cytosine deaminase / base conversion or substitution editing / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / : / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of viral process / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / negative regulation of viral genome replication / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / positive regulation of defense response to virus by host / P-body / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / DNA / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
DNA-binding vector pODB80 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cheng, C. / Zhang, T.L. / Wang, C.X. / Lan, W.X. / Ding, J.P. / Cao, C.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)91753119, 21778065 and 21472229 中国
引用ジャーナル: Chin.J.Chem. / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of Cytidine Deaminase Human APOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA
著者: Cheng, C. / Zhang, T. / Wang, C. / Lan, W. / Ding, J. / Cao, C.
履歴
登録2018年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / struct
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor / _struct.title
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APEBEC3F/ssDNA-T9
B: APEBEC3F/ssDNA-T9
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4187
ポリマ－53,0133
非ポリマー4054
水3,801211
1
A: APEBEC3F/ssDNA-T9
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0614
ポリマ－27,8592
非ポリマー2022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11400 Å2
手法PISA
2
B: APEBEC3F/ssDNA-T9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3573
ポリマ－25,1541
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area10210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.990, 92.702, 93.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 APEBEC3F/ssDNA-T9 / APOBEC-related cytidine deaminase / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP-9 / CEM-15 / CEM15 / ...APOBEC-related cytidine deaminase / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP-9 / CEM-15 / CEM15 / Deoxycytidine deaminase / A3G / Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic polypeptide-like 3F / A3F


分子量: 25154.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: All residures includes purification tag of A3F(6His+thrombin cleavage tag+ chimeric A3F)(reference: K. Siu, et al. Nat. Commun. 2013, 4, 2593. PDB code:4J4J)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3G, MDS019, APOBEC3F
発現宿主: prokaryotic environmental samples (環境試料)
参照: UniProt: Q9HC16, UniProt: Q8IUX4, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 2704.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized / 由来: (合成) DNA-binding vector pODB80 (その他)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M sodium cacodylate, pH 6.5, and 30%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50.01 Å / Num. obs: 37457 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.98→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.662 / CC1/2: 0.936

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
ADDREFデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 8.483 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 1803 4.9 %RANDOM
Rwork0.1719 ---
obs0.1742 34705 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.58 Å2 / Biso mean: 48.089 Å2 / Biso min: 24.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å2-0 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3076 179 12 211 3478
Biso mean--58.63 48.79 -
残基数----374
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 146 -
Rwork0.213 2473 -
all-2619 -
obs--97.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0998-0.09330.01950.17120.08770.13880.01350.0128-0.0009-0.0034-0.0161-0.00570.0135-0.00260.00260.0054-0.00690.0040.02650.0010.074921.9342-5.75134.3955
20.01630.01010.08140.06320.09360.51970.0158-0.00730.00160.0071-0.0045-0.0240.0579-0.0118-0.01130.0174-0.00920.00130.01650.00290.07137.6422-28.0001-29.2034
30.287-0.28680.22210.2872-0.22320.1771-0.0327-0.04750.01410.02920.0425-0.0061-0.0185-0.0423-0.00980.0257-0.0091-0.00820.0286-0.00960.105530.2507-26.6526-13.0634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -29 through 373 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid -29 through 373 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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