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万見
- PDB-5zut: Crystal Structure of Yeast PCNA in Complex with N24 Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zut
タイトルCrystal Structure of Yeast PCNA in Complex with N24 Peptide
要素
  • N24
  • Proliferating cell nuclear antigen
キーワードCELL CYCLE / Yeast PCNA / PI3K / N24 Peptide / Proliferation
機能・相同性
機能・相同性情報


Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / SUMOylation of DNA replication proteins / positive regulation of DNA metabolic process / maintenance of DNA trinucleotide repeats / Translesion Synthesis by POLH ...Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / SUMOylation of DNA replication proteins / positive regulation of DNA metabolic process / maintenance of DNA trinucleotide repeats / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / PCNA complex / Termination of translesion DNA synthesis / lagging strand elongation / postreplication repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / mismatch repair / translesion synthesis / positive regulation of DNA repair / replication fork / positive regulation of DNA replication / nucleotide-excision repair / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Cheng, X.Y. / Kuang, X.L. / Zhou, Y. / Xia, X.M. / SU, Z.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Yeast PCNA in Complex with N24 Peptide
著者: Cheng, X.Y. / Kuang, X.L. / Zhou, Y. / Xia, X.M. / SU, Z.D.
履歴
登録2018年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: refln

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
E: N24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7812
ポリマ－34,7812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.350, 84.030, 58.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA


分子量: 32572.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: POL30, YBR088C, YBR0811 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P15873
#2: タンパク質・ペプチド N24 / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit gamma


分子量: 2208.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R3 / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: Q5T4P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: n-Octyl-b-D-glu, NaCi pH 5.5, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→58.03 Å / Num. obs: 9212 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Scaling rejects: 73
Reflection scaleGroup code: 1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.83-2.97.20.512199.4
12.63-58.036.40.109198.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-2000データ収集
PDB_EXTRACT5.8.0222データ抽出
XDSデータ削減
Aimless3.24データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B8I, 5DA7

6b8i
PDB 未公開エントリ

5da7


解像度: 2.82→58.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.157 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3966 527 5.7 %RANDOM
Rwork0.326 ---
obs0.3301 8684 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120 Å2 / Biso mean: 99.825 Å2 / Biso min: 50.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-67.58 Å20 Å2114.5 Å2
2---81.24 Å2-0 Å2
3---13.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.82→58.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2155 0 0 0 2155
残基数----273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0142189
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0631.6422953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3921.6394826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8375271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.03324.423104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.11815414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.145158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.49310.1511090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4910.151089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.73415.2131359
LS精密化 シェル解像度: 2.824→2.897 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.812 23 -
Rwork0.712 672 -
all-695 -
obs--98.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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