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- PDB-5zul: Small heat shock protein from Mycobacterium marinum M : Form-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zul
タイトルSmall heat shock protein from Mycobacterium marinum M : Form-3
要素Small heat shock protein
キーワードCHAPERONE / sHSP / oligomers / polydispersity
機能・相同性: / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Molecular chaperone (Small heat shock protein)
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium marinum M (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Bhandari, S. / Suguna, K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Dodecameric structure of a small heat shock protein from Mycobacterium marinum M.
著者: Bhandari, S. / Biswas, S. / Chaudhary, A. / Dutta, S. / Suguna, K.
履歴
登録2018年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small heat shock protein
B: Small heat shock protein
C: Small heat shock protein
D: Small heat shock protein
E: Small heat shock protein
F: Small heat shock protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2156
ポリマ－99,2156
非ポリマー00
水00
1
A: Small heat shock protein
B: Small heat shock protein
C: Small heat shock protein
D: Small heat shock protein
E: Small heat shock protein
F: Small heat shock protein

A: Small heat shock protein
B: Small heat shock protein
C: Small heat shock protein
D: Small heat shock protein
E: Small heat shock protein
F: Small heat shock protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,43012
ポリマ－198,43012
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
Buried area19730 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area67960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.209, 128.420, 135.379
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Small heat shock protein


分子量: 16535.803 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum M (バクテリア)
株: M / 遺伝子: MMAR_2991 / プラスミド: pRSET-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HF11

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.05M MgCl2.6H2O, 0.1M HEPES pH 7.5 and 30% PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.75→74.901 Å / Num. obs: 8296 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 114.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.75→4.19 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.724 / Num. unique obs: 2137 / CC1/2: 0.88 / Rpim(I) all: 0.254 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZS3

5zs3


解像度: 3.75→74.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.84 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.807 / SU B: 0.02 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.991 / ESU R Free: 1.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.40672 395 4.8 %RANDOM
Rwork0.36643 ---
obs0.36842 7883 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 166.701 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.81 Å2-0 Å20 Å2
2---1.32 Å2-0 Å2
3---7.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.75→74.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3878 0 0 0 3878
LS精密化 シェル解像度: 3.75→3.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 25 -
Rwork0.404 583 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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