PDB-5zu0: Proteobacterial origin of protein arginine methylation and regula...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zu0

タイトル

Proteobacterial origin of protein arginine methylation and regulation of Complex I assembly by MidA

要素

Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / MidA / Mitochondrial Complex I / SAM / SAH / Protein Arginine Methyl Transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

Complex I biogenesis / pinocytosis / phototaxis / culmination involved in sorocarp development / type II protein arginine methyltransferase / glutamate metabolic process / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Arold, S.T. / Swaminathan, K. / Hameed, U.F.S.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Proteobacterial Origin of Protein Arginine Methylation and Regulation of Complex I Assembly by MidA.
著者: Shahul Hameed, U.F.S. / Sanislav, O. / Lay, S.T. / Annesley, S.J. / Jobichen, C. / Fisher, P.R. / Swaminathan, K. / Arold, S.T.

履歴

登録	2018年5月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zu0.cif.gz	497.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zu0.ent.gz	412.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zu0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zu0_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zu0_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5zu0_validation.xml.gz	50.5 KB	表示
CIF形式データ	5zu0_validation.cif.gz	66.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/5zu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/5zu0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ztzC 5zzwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d2j-d 5zzw-2 5zzw-3 2xjd-d 5ztz-2 5zzw-1 3i4g-d 5ztz-3 5esy-2 3lmw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial

B: Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial

C: Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

143 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
47.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.828, 105.163, 201.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: SAH / End label comp-ID: SAH / Refine code: _ / Auth seq-ID: 83 - 501 / Label seq-ID: 13

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A - D
2	1	B	B - E
1	2	A	A - D
2	2	C	C - F
1	3	B	B - E
2	3	C	C - F

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial / Mitochondrial dysfunction gene A / NADH dehydrogenase [ubiquinone] complex I / assembly factor 7 homolog 分子量: 47445.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 遺伝子: midA, DDB_G0282615 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q54S83, type II protein arginine methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 10% w/v polyethylene glycol 10000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 173 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.9870, 0.9794, 0.9642

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月11日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.987	1
2	0.9794	1
3	0.9642	1

反射

解像度: 2.76→100.61 Å / Num. obs: 39759 / % possible obs: 98.09 % / 冗長度: 13.9 % / R_sym value: 0.18 / Net I/σ(I): 12.64

反射シェル

解像度: 2.76→2.86 Å / Num. unique obs: 3811

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.76→100.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 25.152 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23583	1975	5 %	RANDOM
R_work	0.20006	-	-	-
obs	0.20186	37784	98.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.353 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.06 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.76→100.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9579	0	78	175	9832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	9854
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.528	1.989	13303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.976	3	21798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.818	5	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.859	25.07	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.576	15	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.008	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	10673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.617	3.143	4796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.618	3.142	4795
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.301	4.703	5981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.301	4.705	5982
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.311	3.446	5058
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.311	3.447	5058
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.066	5.062	7322
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.77	37.678	10691
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.765	37.644	10668
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	25236	0.09
1	2	B	25236	0.09
2	1	A	24970	0.1
2	2	C	24970	0.1
3	1	B	25008	0.1
3	2	C	25008	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.762→2.833 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	143	-
R_work	0.262	2672	-
obs	-	-	95.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1646	-0.0553	-0.1461	2.163	-0.5077	1.8001	-0.1006	0.1545	-0.1156	-0.0238	0.0004	0.0627	0.0324	-0.0798	0.1002	0.3259	-0.0038	0.0237	0.0776	-0.0453	0.0353	8.344	61.079	133.305
2	1.3261	-0.2044	0.4485	2.83	-0.2672	1.9583	-0.0796	-0.0544	0.0871	0.0437	0.1031	-0.2342	-0.2656	0.2241	-0.0236	0.2781	0.0243	-0.0074	0.1336	-0.0235	0.0261	34.65	41.009	172.123
3	2.7719	0.6257	0.0736	2.0554	0.5197	1.3157	0.0798	-0.4253	-0.0027	0.3227	-0.0318	-0.1575	-0.0103	0.0819	-0.048	0.2117	0.0218	-0.0098	0.0791	0.0035	0.0511	22.466	26.228	110.051

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	83 - 501
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	83 - 501
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	83 - 501

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